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此時，鮑林將注意力轉到了其他事情上。他於1949年1月開始擔任美國化學學會主席，政治活動佔用他的工作時間更多了。關於鐮狀細胞貧血症的研究已經開花結果。在1949年末和195M初的幾個月裡，鮑林花費了大量功夫，並利用上述成果作為起跳點，企圖在分子學層面上一舉攻克諸如癌症和心臟病那樣的醫學問題。“我感到很有把握，將醫學研究更加緊密地與基礎科學最先進的前沿成果聯絡起來，就一定能在戰勝疾病方面取得長足的進步，”他這樣寫道，“而要做到這一點，唯一的途徑是將醫學研究看作為推進基礎科學實驗活動的一個必不可少的組成部分。”他希望創造一種場所，讓依泰諾那樣的年輕醫學博士能基於對分子作用的認識採取一種新的醫學研究方法。為此，他開始規劃建造一幢新的大樓，這幢大樓中將設定一個醫療化學實驗室。這個實驗室將是介於他的克萊林化學實驗室和比德爾的科克霍夫生物學實驗室之間的前沿陣地，工作人員也將來自這兩個方面。他打算用新的視角開展醫學研究。

1950年1月，在比德爾的幫助下，鮑林向洛克菲勒基金會正式提議建造這樣一個場所。但是，韋弗給他當頭潑了一盆冷水，聲言生物學和化學首先應當加強自身的研究，用不到去開闢新的戰場。再說，資助建造大樓，這也不屬於基金會的業務範圍。那年春天，鮑林和比德爾花了好幾個星期寫信，奔波於紐約的街頭巷尾，尋求其他基金會和醫藥公司的贊助——例如，他們要求克萊斯吉基金會資助150萬美元——但是，他們的要求全都落空了。這兩位加州理工學院的學者發現，慈善家們和醫生們一樣，誰都顧不上花一點時間去了解一下分子型疾病的概念，這些人甚至認為“醫療化學”是一個“混淆視聽”的術語——不但有含混不清之弊，而且有危言聳聽之嫌。他們只肯給加州理工學院研究組一些小額短期資助。

無望取得資助，鮑林只能回過頭來繼續研究蛋白質螺旋結構。在此之前的秋天，布蘭遜和懷恩巴姆經過一年時間的研究，得到這樣一點結論：蛋白質只有兩種螺旋結構——鮑林在牛津時曾經考慮過其中的一種——不但能滿足氫鍵最大化和肽鍵平直性這兩個條件，而且能使各個原子相互靠近而不重疊。在螺旋的每一圈中，兩種結構中比較緊密的一種大約有3。7個氨基酸，比較鬆散的一種有5。1個氨基酸。鮑林已經清楚，蛋白質只可能有兩種螺旋結構，但他仍然不想將其公之於眾。還是他早在英國時就看到的老問題：大多數學者認為，螺距是螺旋結構的一個重要引數，阿爾法角蛋白經X光反射所得資料是5。1埃。但是，這兩種螺旋結構都與這一資料不符。布蘭遜和懷恩巴姆的研究工作證實，鮑林此時正在思考的那種比較緊密的螺旋結構，很可能就是角蛋白的結構，螺距卻是5。4埃。“我非常堅定地認為，這種結構應當符合X光的有關資料，”鮑林回憶說，“因此，我決定再等一等。”

但是，布拉格的研究小組設想的螺旋結構之一，也即每圈有4個氨基酸的那種結構，已經非常接近於鮑林知道的那種含有3。7個氨基酸螺旋結構。鮑林感到，他們遲早會修正自己的研究方法。1950年春，鮑林再次將全部身心投入蛋白質研究。他全面考察了科裡新近關於蛋白質可能結構所作的系統分析，並用線、球、杆等實物製作有關結構的模型。他在加州理工學院的一個車間裡用木頭雕刻出一種嶄新鮮豔的模型，代表原子的是一些球體，每個球上都標明瞭範德瓦爾斯半徑，在其側面則按有許多小孔，以便於各個球體之間的連線。整個模型看上去就像一團團肥皂泡一樣——因而有填補空間的模型之稱。這是鮑林的又一創新，後來成了成千上萬個化學實驗室和課堂的標準教具。在製作模型的過程中，鮑林嚴格地遵循了自己為蛋白質結構所作的規定，確保所有可能的氫鍵無一遺漏，每一肽鍵都保持平直的狀態，各個構件之間都不存在人為張緊的應力，原子之間也沒有彼此擠壓太緊的情況。這樣，鮑林和科裡運用模型證實了蛋白質兩種螺旋結構在化學上是完全可行的。這一次，他們還得到了一些新的啟示——可以用某種方式拉伸其中的一種結構，藉此即可說明這種結構具有緞帶的特性。不過，儘管他們作了如此精細的修飾，仍然存在著一個令人困惑的難題：蛋白質的兩種基本結構中較為緊密的那一種，也就是鮑林相信就是角蛋白結構的那一種，仍然不能解釋用X光反射得到的5。1埃這一個資料。根據鮑林的理論結構，可以預測是5。4埃的反射。這兩個資料之差——等於一個氫原子寬度的六分之——也就成了鮑林摘取揭示蛋白質結構桂冠第一人這