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採取某些措施，他們將起訴有關方面違反了合同。全國至少有40名科學家因為政治信仰而受到懲罰，他們從美國公共衛生服務處申請到的資助被取消；至於到底有多少人首次提出的申請被駁回，那就不得而知了。

鮑林竟然沒有一下子看穿在美國公共衛生服務處採取的這些措施背後的真實原因，可見他在政治上是多麼天真，他與加州理工學院校方之間的關係是多麼糟糕。後來，當他將那個機構的行為講給比德爾聽時，他才真正瞭解到事實的真相。比德爾盯著鮑林看了很長一會兒，然後對他說，這一切當然與政治有關。“難道您還不知道發生了什麼事嗎？”比德爾問道。“他們就是不讓您的名字出現在接受資助的名單上。”鮑林聽到這話時，目瞪口呆了。他雖然對冷戰的國內因素是一清二楚的，但是，堂堂的政府機關，本身的職責就是提供研究的資助，竟然也感染上了反共狂熱症，這實在難以想象了。正如他後來所說：“你可以想見，我那時是多麼幼稚呀！”

鮑林向美國公共衛生服務處申請的科研資助，一共拖了兩年多時間，最後他終於收到了批准下發的通知——也就是在霍比辭職的那一天。

不過，鮑林仍然堅持不談論有關政治的問題。要不要給他簽發護照的事，現已演變為一二再三地上演的鬧劇。他每一次提出申請，希普利都提議拒發，於是鮑林不得不再三提醒有關方面注意他動身的日期，時間一次比一次更緊急。經過接二連三的拖延，希普利的上司就會出面否定她的意見。鮑林則一面準備行裝，一面耐心地等待。他的護照往往要在出發前的一兩天才能拿到手。

1953年秋在帕薩迪納開過那次有關蛋白質研究的大型研討會以後幾個星期，鮑林接到了一封邀請信，要他去以色列參加新的魏茲曼科學研究所的落成典禮。這是一次短期訪問，他將在那裡見到一個自己很感興趣的新國度，並要在國王大衛賓館舉行的招待會上會見以色列總理大衛·本·古裡安和他的夫人。在訪問之前，他又得重複那老一套的經歷了。

但是，他這次中東之行卻驚動了杜勒斯的國務院。那時，已任命了一位新的負責護照安全的官員，此人名叫司各脫·麥克利德，是聯邦調查局的一名特工，一名死硬派反共分子。這個人發現自己與希普利的看法完全一致。他們兩個人一起開始更加嚴格地限制公民出遊的權利。麥克利德與非美活動調查委員會、參議員麥卡錫和聯邦調查局都有電話通訊的聯絡，因此有條件從各方面來源瞭解鮑林的情況。麥克利德進行了佈置，在鮑林訪問以色列期間，將有陸軍情報人員嚴密監視他的活動；一直到後來有報告稱，鮑林並沒有說什麼非常不妥的話，對他的監視才放鬆了一些。

鮑林在11月初回國後沒幾天，又一次提出了遠遊世界的申請。這一次，他想帶愛娃·海倫一起去印度待一段時間，因為他接到了該國政府的邀請，要他出席印度科學大會，作幾個星期的科學講演，並去孟買參加一個新建實驗室的落成典型。他計劃於12月中旬動身。鮑林急於想看一看印度，這個國家在尼赫魯的領導下正在成為所謂的第三世界的領導者。第三世界是由一些既不與美國也不與蘇聯結盟的新興國家組成的。鮑林從尼赫魯身上看到了一條介於共產主義和資本主義之間中間道路的希望。

至於國務院對印度也頗感興趣，在相當大的程度上是出於同樣的原因，不過看問題的態度就不那麼積極了。根據政府的分析，印度正在向左轉，脫離了西方的軌道。在這樣的形勢下，讓鮑林這類持不同政見者到那裡去訪問，給美國抹黑，特別是考慮到他即將參加的會議另外還有六七名俄國科學家當主角，那就更不是一件好事了。因此，希普利提議拒發鮑林的護照，就得從新的角度加以認識了。

一直到12月初，鮑林還沒有聽到關於護照的任何音訊，他請求國家科學院院長戴特列夫·布隆克幫助。布隆克擔心，要是政府再次拒發鮑林的護照，就會給全世界科學界帶來不良的印象。於是，他與希普利會了一次面，進行了一次冷冰冰的交談。希普利告訴他，印度是一個“敏感的地方”，對鮑林這次訪問作出的任何決定，都要考慮到其他一些部門的意見，比方說，安全部門首腦麥克利德就是其中的一位。她說不清楚到底何時才能作出最後的決定。布隆克將這一訊息電告鮑林時，提醒他注意，麥克利德是麥卡錫手下的一名干將。在布隆克的電話之後幾個小時，國務院的一位官員就打電話告訴鮑林說，在他預定出發的日期之前，不會有任何決定。

鮑林感到非常憤怒，他直接給希普利掛了電話。他強壓怒火，向