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但是，在1952年這一年裡，他在政治上的剋制，並沒有使他能生活得更加自在些。在他寫信抨擊黎巴嫩雪松醫院董事長解僱李普曼的做法以後，這位董事長向杜布里奇反映了這一情況。杜布里奇將鮑林叫去訓斥了一頓。鮑林為了平息杜布里奇的怒氣，向他提醒道，這是他個人的行為，並非是公開的政治宣告。鮑林的名字仍列在聯邦調查局的治安監視名單上，洛杉磯的特工每天都要在《工人日報》上檢視他的名字有沒有出現。他們還透過安置在國家藝術、科學和專業人士委員會中的密探，監視鮑林在辛普曼案件中的一舉一動，每隔六個月就向胡佛送一份完整的報告。1952年春天，鮑林的護照案已公之於眾，一個聯邦調查局密探就曾報告說，加州理工學院董事會又再次討論了開除鮑林的問題，這一次他們考慮是否要中斷合約，並且用他年工資4到5倍的金額作為校方向他支付的違約金。後來，他的護照簽發下來了，這個方案也就擱置了起來。隨後，快到年底時，布登茲在眾議院調查慈善基金會的委員會公開指名道姓稱鮑林是隱藏的共產黨員——在沉寂了一年以後——鮑林的名字又在報紙的標題中出現了。

壓力接踵而至。鮑林幾乎已經完全中止了自己的政治活動，然而他的名譽卻照樣不斷地受到攻擊。既然是這樣，再繼續一聲不吭又有什麼意義呢？

艾森豪威爾競選總統的活動剛結束，鮑林就在某些事情上打破了自己的沉默。他寫了一封私信給即將離任的杜魯門總統，請求他頒發行政命令寬恕羅森伯格一家人。鮑林相信，羅森伯格是在一次極其可笑的搜查原子彈間諜的行動中受到不公正指控和審判的。鮑林還在一些公開信上簽名，要求廢除1950年的國內安全法和史密斯法。1952年11月下旬，羅斯福新政的忠實信徒在當地的羅斯福俱樂部舉行一次小型的集會，鮑林在會上發表了一篇演說，再次申述了他以前的左翼思想，要求當局採取寬容的態度，重新點燃了他埋在心底的火種。能有機會再次把心裡話吐出來，他感到痛快極了。與會者中有一位家庭婦女，後來給鮑林寫了一封信，使他特別受鼓舞。“您能站出來講話，是一位真正的男子漢，請接受我崇高的敬意和誠摯的感謝，”這位婦女寫道。“您在採取行動時表現出來的勇氣，您在思考時顯示出來的真誠——在大庭廣眾之中——是一件非常振奮人心的事。我相信，由您燃起的燭光必將普照到四面八方。”

在此之後，他又再次沉默了。事情很快就變得很清楚，艾森豪威爾執政初期的那些歲月，對於他那樣的左派分子決非是翻身出頭的日子。艾森豪威爾在反共方面似乎執意要超過杜魯門。他任命了許多右派人士擔任政府的要職，其中包括起用狂熱反共的杜勒斯替代國務卿艾奇遜——此時，國務院這個部門仍然不斷受到攻擊，被人指摘為左翼分子同情者的一個堡壘。在艾森豪威爾的班子中，另外一個人是奧維塔·卡爾普·霍比，這個女人被任命為新的衛生、教育和福利部部長。她上任後，很快就扣發了共產黨嫌疑分子亨受的聯邦政府的資助。

霍比的高升給鮑林帶來了直接的影響。1953年秋末的一天，他得到通知，其中沒有任何詳細的解釋，他從美國公共衛生服務處取得的資助要停發——總數是6萬美元，原本是用於對氧基聚明膠和蛋白質結構的研究。美國公共衛生服務處隸屬於新設立的衛生、教育和福利部，霍比是部長。鮑林對取消資助一事百思不得其解，因而打了一個電話到該部要求提供有關的內情。

最後，他與一位持同情態度的經理取得了聯絡，這位經理建議他重新申請，不過得換一種方式。他對鮑林說，不要用多位作者（其中也包括鮑林）的集體名義申請大筆資助，而是用這些研究人員個人的名義將專案分割成一個個細小的課題，各自提出資助的要求。鮑林嘗試了一下，一個課題借用了坎貝爾的名義，另一個課題用的是科裡的名字。這兩個課題馬上就得到了資助——與要求相比，不但時間更長，而且提供的資金也更多。但是，鮑林在用自己的名義提出申請時，就再也沒有下文了。

顯然，鮑林並不是唯一上了衛生、教育和福利部黑名單的科學家。加州理工學院其他左翼學者的資助也被切斷了，這就促使校方向華盛頓方面提出了警告：要是不