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她解釋說，這次旅行純粹是為了科學和觀光，他絕對不會發表政治演說。作為回答，希普利反問道：建議赦免犯有原子彈間諜罪的人，他當作怎樣的解釋？鮑林對她講，要是扣著他的護照不發，在公眾中將會產生不良的後果。她告訴他，此事的決定權在上面的人手裡。

這就超過慣常那種拖延的範圍了。鮑林怎麼也不敢想象，希普利的辦公室會重犯1952年所犯的同樣的錯誤，他們就不怕冒犯了世界科學界，竟然執迷不悟地剝奪他出外旅行的權利。況且，他一直約束著自己，切斷了與共產黨有關的組織的聯絡，放棄了進行政治演說的機會。不管怎麼說，他的護照不應當遭到拒發的命運。

他和愛娃取消了安排在前面的幾次約會，重新安排了動身的日期。他們打算遲一週出發，也就是23日。鮑林致函杜勒斯，主動提出到華盛頓走一趟，在聖誕節前的一個星期中找一個時間與他談一次。結果無迴音。他又一次寫信，同時還調整了自己將要搭乘的航班。在信中他提到，他將在出發的那一天上午9點鐘前往紐約護照辦事處。同樣，他也沒有收到回信。

12月21日，鮑林乘飛機到達紐約，隨身帶著出外旅行3個月的行李。第二天上午，鮑林來到紐約護照辦事處。他既沒有領到護照，也沒有得到解釋。他怒氣衝衝地回到了下榻的旅館，撥通了杜勒斯辦公室的電話。有人對他說，國務卿不能與他在電話裡講話。跟他談話的是國務院科學顧問。他告訴鮑林，有關他的護照已作出最後的決定，至於具體的內容，他不能說。

那天下午晚些時候，也就是鮑林原定乘坐的航班起飛後兩小時，國務院的一名代表打電話告訴他，已決定拒發他的護照。此人還對他說，對這一決定，他可以向護照申訴委員會提出書面的上訴。

鮑林已無意這樣做。他與自己的律師商討了一次——律師告訴他，29日將安排有國務院官員參加的一次聽證會——鮑林和愛娃又乘飛機到了華盛頓。他曾設法與希普利會面，但沒有成功。於是，他在海一阿達姆斯賓館與愛娃·海倫一起過了一個沒有歡樂的聖誕節。接下來就等待即將舉行的聽證會。

與此同時，他請求布什和康普頓做他的擔保人。這兩個人都給國務卿寫了信，向杜勒斯保證，鮑林是清白忠誠的，儘管“若干年以前他曾深深捲入過一些政治活動”。終於等到了舉行聽證會的那一天，鮑林和愛娃到了場，預期最後能與希普利作一次面談。但是，他倆被領到了一個房間，只見希普利手下的一個人坐在一張桌子旁，桌子上堆著一大疊檔案。這個人“每隔一會就翻一下這些材料，接著就問一個問題，”鮑林回憶道。他詢問了鮑林參加共產黨外圍團體的情況；鮑林解釋說，他已經從這些團體中退出。他又向鮑林打聽羅森伯格一家人的情況，鮑林解釋說，他只是關心這家人受審的方式，並不是支援共產黨人的事業。鮑林還被問到，他曾寄過10美元錢給一個因為是共產黨員而被解僱的學者，幫助他籌集出庭辯護的資金，到底有沒有這回事；鮑林回答說，他也曾寄過類似數目的錢款，幫助過鐵幕後面的知識界難民。他又再次被問到，他是否參加過拯救紅木團；鮑林根本就不相信竟然會提出這樣的問題。

第二天，針對國務院關心的每一個問題，他和律師合作起草了一份宣誓書。12月31日，他被告知說，還有許多其他方面的事可以推溯到很多年以前，他必須用書面的形式詳細地將自己過去在政治上所有的情況講清楚。

鮑林說，在這麼短的時間內，他無法做到這一點；要他作如此全面的回顧，他一點思想準備都沒有。他的所有檔案和資料全在帕薩迪納。此時，他已經沒有辦法給有關方面在印度為他作出的安排作出及時的回覆。

他和愛娃·海倫撤回了申領護照的要求，接著就乘飛機回家了。

“真是活受罪，”鮑林後來回憶道。整個事件花費了他們整整兩週的時間，來回折騰一共用去了兩千美元。

不過，這一次，國際上並沒有什麼強烈的反響。鮑林對自己遭遇的麻煩，一聲都未吭。他避開了新聞媒體，只是發了幾封信給一些有影響的人，表示了自己的抗議。其中有前最高法院的法官歐文·羅伯茨，此時他擔任了美國哲學學會的主席。“我認為，國務院的行動有可能是麥卡錫懼怕的結果，”鮑林在1月份給羅伯茨的信中這樣說，“不過，可能性更大的也許只是希普利夫人本人感到很惱火，因為在1952年春天國務卿曾採取行動否定了她在我的護照問題上作出的決定。”

他打算循規蹈矩照章程辦事。他將自己收到的邀