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即使整個化學系就剩下鮑林一個人，它仍將是世界上最重要的化學系之一。他希望我不要將這句話認為是普通的加利福尼亞式的恭維。”

韋弗一見到鮑林，就開始相信諾伊斯的話可能是正確的。在加州理工學院其他的化學實驗室裡，只有一兩個研究生一聲不響地在完成教授指派的任務，而鮑林在天體物理學大樓裡的實驗室則充滿了生機。屋子裡有九個博士後與五個研究生，濟濟一堂，彼此熱烈地進行著討論。在這裡，各種思想自由公開地交流，有點像路易斯的伯克利實驗室。原始思想被潦草地塗在黑板上，引起激烈的爭論和笑聲。韋弗覺得這裡有點像具有歐洲風格的理論化學中心——學院內的學院，而鮑林掌管著一切。在結束對加州理工學院的訪問之後，韋弗對鮑林的評價是“具有一流的思考能力，驚人的分析能力，並擁有與實驗科學保持緊密和卓有成效的聯絡的天才。……哈佛大學、麻省理工學院、密歇根大學競相高薪禮聘，他幾乎被公認為是世界理論化學的領袖。”

唯一的缺陷是鮑林不研究生命科學——至少尚沒有開始。在訪問中，韋弗宣揚他的分子生物學方法，強調洛克菲勒基金對生物分子結構的興趣要大大高於對硫化物的興趣。他倆在鮑林的辦公室進行了一次長談，他慫恿鮑林運用其結構化學的思想來揭開生命之謎。

但是這一資訊似乎並沒有在鮑林身上產生效果。幾個月後，當韋弗在1933年10月第二次來加州理工學院訪問時，鮑林最初兩年的經費快要用完了。在1932年至1933年有鮑林名字的二十多篇論文中，只有苯的那篇和另外兩三篇有關小的碳基分子的文章是關於有機化學的，分子生物學的論文幾乎一篇也沒有。所有其他的論文都是關於鮑林感興趣的無機晶體或是一般的量子理論問題。鮑林知道韋弗另有所圖，所以特地為自己的贊助人準備了一份六頁紙的報告，向他解釋自己是如何開銷洛克菲勒基金的，以及自己未來的打算。他說，自己當前的科研重點是解決有機分子的結構，然後還投其所好地特意向韋弗提到，將來他將研究葉綠素和血紅蛋白。這些暗示和承諾還不能令韋弗滿意。他喜歡鮑林，認為他前途似錦，但是他得讓基金會理事們接受鮑林的觀點。他坦率地告訴鮑林說，普通有機化學的結構工作不可能得到金錢；只有那些直接與生物學相關的工作才可能得到資助。

鮑林洗耳恭聽。當他在1933年正式申請延長三年的贊助時，他在報告中以顯著的位置提到了生物分子。韋弗認為他應該獲得贊助，但是由於鮑林幾乎沒有什麼與生物學有關的研究成果，韋弗發現很難讓理事會下決心。最後，他把鮑林比作路易·巴斯德，後者在19世紀50年代對化學結構的抽象興趣最終導致了生物學和醫學的重大發現。即使這樣，理事會也只批准將贊助延長一年。韋弗心平氣和地向鮑林通報了這一訊息，告訴他經濟狀況使長期的資助變得“不明智”，並重申了洛克菲勒基金會的期望：“如果你的研究工作能夠直接涉及葉綠素、血紅蛋白和其他具有生物學重要意義的物質，那麼你的申請將得到優先的考慮。”

生物學是有趣的，但是鮑林並沒有打算圍繞它來豐富自己的學術生涯。他的有機化學基礎有限，而且這輩子他沒有上過一堂生物課。他自信有能力解決幾乎任何問題，但是轉向生物學將使自己脫離成功的領域，進入一個具有不同預期值的陌生地方，並由另一群科學家來對他的成功作出判斷。這將冒很大的風險。另外，他覺得只要再有一點時間和金錢，他很快就能發現決定硫化礦物結構的一般規律。1934年初，他要求美國潘若士基金地質學會資助他的這項研究。

他被拒絕了，這令鮑林感到意外，覺得這是對自己的研究計劃和人格的雙重打擊。他突然意識到洛克菲勒基金的重要性。鮑林用洛克菲勒基金會的贊助擴建了自己的實驗室，而且用這筆錢招募的助手、博士後和研究生促使他養成了一種新的工作風格。首先由他提出新的思想或需要解決的問題，叫學生進行實驗，然後幫助他們分析結果併合寫論文。這一方式使他走出了實驗室，專心於書房，進行他最擅長的理論思維；這擴大了他的研究領域，使他能夠對自己感興趣的課題同時進行思考。他在1934年發表的論文都是合作的，一般的合作者的工資或是使用的實驗裝置都是洛克菲勒基金提供的。大蕭條還遠沒有結束，也不可能從其他渠道獲得大筆資金。

鮑林追逐著金錢。他寫道：“顯然，除非我對與生物學有關的化學發生興趣，我很難繼續得到洛克菲勒基金的資助。”他放棄了一部分礦物學的研究工作，把重點轉向