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，匆匆地給密立根寫了一封簡短而直率的拒絕信。他在信中寫道，新的系務委員會結構意味著他要在沒有實權的情況下承擔責任。提議的7500美元的工資也太低。他需要學校作出支援化學系的承諾。而且，他希望得到的不光是系主任的頭銜，還有諾伊斯的另一個頭銜，蓋茨實驗室主任。他在8月10日把這封信交了上去，然後帶著全家上俄勒岡度假去了。

兩星期後，他回到學校。在給朋友的一封信中他寫道：“我們的化學系仍是一團糟，恐怕在一切走上正軌之前我們還要碰到許多麻煩。”密立根原以為諾伊斯的死會讓鮑林幡然悔悟，欣然接受系主任的任命；鮑林信中的語氣讓他大驚失色，他拒絕把這封信交給行政委員會。這封信正是他對鮑林擔心的明證：他太年輕，太缺乏經驗，難以擔當系主任的重任。太容易採取“獨裁”的手腕。密立根拒絕給鮑林任何答覆。

鮑林和“長官”繼續沉默地對視著，過了整整兩個月，鮑林才眨了眨眼睛。在11月份，他再次要求密立根告訴他將會發生什麼。密立根冷若冰霜地回答說，他在等待鮑林提出能使自己“滿意”的機構改革計劃。

即便他們之間進行了談判，也沒有獲得任何成果。1937年新年過去了，化學系仍然沒有系主任。

韋弗在自己紐約的辦公室裡關注著事態的發展。他越來越不耐煩，決定採取行動。諾伊斯的生物有機化學資金已經啟動；韋弗認為鮑林和一個頂尖的有機化學家合作能夠完成大事，而且他也希望這筆資金能夠產生效果。加州理工學院現在的惡劣環境讓什麼事都變得複雜了。儘管他深知鮑林缺乏團隊精神——他認為，鮑林在8月份將那封拒絕信交給密立根時，密立根應該好好“打他的屁股”——他仍將鮑林視作自己在加州理工學院計劃中的關鍵人物。

韋弗在1937年1月乘火車來到帕薩迪納進行協調。他發現局勢比他擔心的還要糟糕。鮑林和密立根切斷了彼此之間的所有聯絡。密立根本人開始管理生物有機化學資金，儘管他對此一竅不通。鮑林則高傲地呆在一邊，等待著對他有利的決定。

韋弗首先和鮑林坐下來談。有個能夠理解自己的人來聽自己的牢騷，鮑林把鬱積在心中的話一股腦兒都倒了出來。他說，他擔心不能很好地平衡自己在學術和行政上的時間。看看諾伊斯的情況——他事無鉅細地處理著學院的事務，而本人在實驗室裡卻沒有搞出任何有價值的成果。系主任在新的系務委員會制度下不過是一個傀儡，沒有決策權，卻要為那些不是自己作出的決定接受旁人的潔難。而且在一些他本人就可以處理的小事上，他也需要浪費大量時間與委員會商量。鮑林還說，他對於不給他實驗室主任一職極為不滿，因為儘管對外人來說似乎這無關緊要，但是在他領域裡的其他科學家眼中，這個頭銜具有實際的重要性。工資問題也相當重要，因為他現在的收入比其他系主任的工資要低得多。

韋弗覺得鮑林的話有理有據，他開始對這位青年學者產生了一種新的敬重。接著，鮑林又讓韋弗看了自己在8月10日寫的拒絕信，要他坦率地說出自己的看法。韋弗讀了一遍，說這封信“語調生硬，甚至有些厚顏無恥”。他告訴鮑林，與行政委員會的成員相比，他還太年輕；提他為系主任表明理事們對他非常信任，可以說是對他的一種恩賜。他的答覆不僅沒有感謝這種榮譽，而且沒有給出他這一決定背後的理由。看上去似乎鮑林把系主任一職又扔回到他們的臉上。這是一種羞辱。所以毫不奇怪，他們讓他乾等著。那天晚上，韋弗在日記中寫道：“鮑林似乎心說誠服地接受了我的批評，並沉痛地表示自己犯了一個大錯。”

在教訓了一方之後，韋弗開始和另一方理論，告訴密立根鮑林的憂慮以及對化學系的計劃。他說，這個年輕人在長時間的等待中仍保持了清醒的頭腦，這難能可貴，而且鮑林對於洛克菲勒基金是十分重要的。他請求密立根能夠理解。

在韋弗回到紐約之後，密立根和鮑林開始對話，意在確定一種雙方都能夠滿意的體制。在諾伊斯去世幾乎一年後的4月份，鮑林將好訊息通知了韋弗。“在與您談話之後，我找到密立根教授，決心消除我們之間的隔閡。我們沒費什麼功夫就達成了共識，我相信每個人都會滿意的。”鮑林當然是滿意的。他將保留系主任和系務委員會主任的頭銜，他的工資將提升到9000美元。

在別人的憂懼惶恐之中，鮑林順利地擔當起了系主任的角色，這主要應該歸功於他沿用了諾伊斯的行政管理體系，並把主要的精力放在了自己的科研工作上。作為系主任，他需要拋