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自尊心受到雙重打擊的鮑林一頭扎回到研究工作中。諾伊斯讓他參與一個自己希望在有生之年實現的最後的大專案，建立一所生物有機化學研究院，並藉此來撫慰鮑林的創傷。這個新的跨學科的研究團體將運用現代化學的工具來重新塑造生物學。他說，鮑林將是這一學院的學術領袖，可以獲得新樓的整個一層樓面。其他教師將是世界上最優秀的學者，以後將陸續被聘用。更多場地和更高學術地位的承諾幫助鮑林克服了自己的失望情緒，一門心思地撲在工作上。

韋弗在1936年3月訪問加州理工學院，他非常高興地瞭解到鮑林在血紅蛋白研究上取得了進展。當鮑林在晚餐上介紹自己對其他蛋白質研究產生了新的興趣，說到自己的工作有可能有助於攻克癌症時，韋弗就更加喜不自禁了。

韋弗還拜訪了明顯衰弱的諾伊斯。諾伊斯強打精神，四方尋求資助，招兵買馬，為擴建和裝備生物有機化學學院作準備。韋弗對這一規劃非常興奮——這畢竟表明，他長期以來信奉的研究生物學的方法將被實現——他告訴諾伊斯，他將和理事會一起密切關注這一專案的進展。

諾伊斯對這個專案信心十足，況且他急切地想在自己離開人世前把一切都料理停當。他讓鮑林充分地考查一下新學院的合適人選。這回倒是鮑林擺起了架子。他寫信對諾伊斯說，最好圍繞自己的研究進展向洛克菲勒基金提交一份詳細的計劃，然後再看看採取什麼行動。諾伊斯迫不及待。他已經決定到梅奧診所做一次結腸手術，這是他最後治癒癌症的機會。他很快將一份6頁的提綱送交給韋弗，其中概括地介紹了有機化學的發展思路，並詳細介紹了由私人捐助的擬建中的大樓。然後鮑林被派往東海岸尋訪人才，這回他又扯起了諾伊斯的後腿。在紐約，他告誡韋弗說，他覺得諾伊斯“以他現在的狀況，為了在有生之年作出一些成就，有些過於匆忙……”。鮑林仍然認為，不管系主任一職怎樣有名無實，總歸是他的。他不希望被一個垂危的病人作出的決定栓住手腳。他希望在時機到來時作出自己的決策。

他不用等待太久。梅奧診所的手術失敗了，5月，諾伊斯回到了帕薩迪納。他躺在自己聖帕斯科大街住所的床上，女僕和一位長期的助手照料他。鮑林此時正忙於和莫斯基一起對蛋白質變性的論文作最後潤色，在諾伊斯最後的幾個星期中探望過他兩回；誰也沒有提及他繼任系主任這個話題。

1936年6月3日，訊息傳遍了校園：亞瑟王過世了。

這標誌著一個時代的結束。

諾伊斯的保守剋制、溫文爾雅和慷慨大度紮根於19世紀；他所遵循的是一種正在迅速消逝的生活方式，慢條斯理，知書達理，知足常樂。不會再讓學生駕著老摩西出遊，在研討會上不會再有可可飲料，不會再有密立根在悼詞中所稱的諾伊斯的“美好性格”。不會再有詩歌。未來屬於不那麼浪漫、更加務實、眼明手快的鮑林式人物——20世紀的人。

諾伊斯在系裡起到了協調的作用，這一點在他死後充分顯露出來了。教師們在過去一年中積聚起來的敵意現在變得公開了。一些教師認為，鮑林即便是在諾伊斯重病期間也把他逼得很緊，還有人對韋弗說，鮑林“以一種毫無道理的，甚至是不可饒恕的方式來困擾和糾纏（諾伊斯），強迫他承擔起不可忍受的化學系領導任務”，這甚至有可能加速了諾伊斯病情的惡化。托爾曼、迪金森和雷西這些老教授在給密立根的一封信中直言不諱地表達了同感，並“建議”暫時將鮑林提升為系主任——新近又重新確定了職責範圍，幾乎沒有任何權力——這只是因為他的研究工作對加州理工學院至關重要，儘管“我們對鮑林教授是否完全適合這一崗位深表憂慮。……在一定程度上，我們懷疑他是否有能力來制定政策，是否能夠慷慨、真誠地待人接物。”

這股反鮑林的情緒在諾伊斯的葬禮上表露無遺。榮譽扶棺者包括加州理工學院行政委員會的每一位成員，還有化學和化學工程系的每一位教師——唯獨沒有鮑林。鮑林對這種特殊做法感到狼狽萬分，他找到密立根，要求知道為什麼受到這樣不公正的待遇。密立根聲稱自己毫不知情，說名單是化學系定的。

又一次侮辱接踵而至。葬禮後，正式宣佈了系主任的任命——然而是托爾曼，而不是鮑林。這可能只是表示對前輩尊重的一種形式，因為托爾曼早就表明自己不堪此任，因此馬上拒絕了，然而這實際上等於又打了鮑林一記耳光。

最後終於把系主任的頭銜交給了鮑林，但是鮑林對於此等羞辱怒不可遏，拒絕接受。他不及考慮後果