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六個部分來寫一部鉅著《偉大的復興》。打算在第一部分重申我們的知識現狀；第二部分描述一種新的科學調查方法；第三部分彙集實驗資料；第四部分解釋說明他的新科學工作方法；第五部分提出一些暫定的結論；最後一部分綜述用他的新方法所獲得的知識。可想而知，這項宏偉的計劃──可能是自從亞里士多德以來最有抱負的設想──從未得以完全實現。但是可以把《學術的進展》（1605年）和《新工具》（1620年）看作是他的偉大著作的頭兩個部分。
《新工具》也許是培根最重要的著作。這部著作基本上是號召人們採用實驗調查法。由於完全依靠亞里士多德演繹邏輯方法的荒誕可笑，因而需要一種新的邏輯方法──歸納法。知識並不是我們推論中的已知條件，而是要從條件中歸納出結論性的東西，更確切地說是我們要達到目的的結論。人們要了解世界，就必須首先去觀察世界。培根指出要首先收集事實，然後再用歸納推理手段從這些事實中得出結論。雖然科學家在每一個細節方面並不都是遵循培根的歸納法，但是他所表達的基本思想對觀察和實驗有重大意義，構成了自那時起科學家一直所採用的方法的核心。
培根的最後一部著作是《新西特蘭提斯島》，該書描寫了太平洋的一個虛構的島上的一個烏托邦國家。雖然書中的背景令人想起托馬斯·摩爾爵士的烏托邦，但是其整個觀點則截然不同。在培根的書中，他的理想王國的繁榮和幸福取決於而且直接來自
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