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素光波動學說，方以智並在此基礎上闡釋了他的“光肥影瘦”主張，認為光在傳播過程中，總要向幾何光學地陰影範圍內侵入，使有光區擴大，陰影區縮小。

他並據此批駁了傳教士有關太陽直徑將近有日地距離三分之一大的說法。這些，都是前無古人地學術貢獻。

另外，《物理小識》關於光的色散、反射和折射，關於聲音的發生、傳播、反射、共鳴、隔音效應，關於比重、關於磁效應等諸多問題的記述和闡發，都是極其出色的。

在醫藥生物諸方面，《物理小識》也有諸多貢獻。方以智在這些方面用力甚大，有關條目佔全書總條目的三分之一還要強。他會通中西，對人體生理、病理以及醫療、藥物等諸多方面均有較深入的研究。方以智重視吸收引進西方醫學知識，以彌補傳統醫學的不足。他在《物理小識》中介紹了大量西醫解剖學知識，而這正是傳統醫學的一個薄弱環節。他根據西方人體生理知識，提出“人之智愚系腦之清濁”，這是對傳統“心之官則思”說法的一個勇敢突破。方以智對傳統醫學也很精通，《物理小識》曾廣泛援引歷代醫家言論，取各家之長而加以綜合。在藥物學方面，《物理小識》不但發現和改正了一些歷代本草書（包括李時珍《本草綱目》）中的錯誤和疏漏。

方以智接受西方科技知識，並非盲從，而是經過自己的認真思考、消化。例如他對於西方地圓說，就是首先考察了地圓說賴以成立的觀測證據，然後才加以接受的。對於傳教士的錯誤說法，他則予以批駁。例如傳教士曾說，太陽半徑為地球半徑的１60多倍，而太陽距地球只有１600多萬里，方以智指出這是錯誤的，並且親自推算地球圓周長約9萬里，比之西方更為精確。

朱駿最佩服的並不是他發明了什麼，而是老傢伙對近代天文、地理、化學、生物、醫藥、農學、工藝、哲學、藝術等方面統統有所涉及，單止這一點，便足夠朱駿引起興趣。

“皇上相召，微臣雖風燭殘年，臣敢不效死力？”方以智絕對不是個含糊的人，當年為了抗清，他上躥下跳，乃至於跑到深山去感召土匪出來抗清，就算是被人誣陷，離開了朝廷，還在到處聯絡抗清力量，大聲疾呼。

朱駿笑道：“朕打算給你親自制定一個官名，嗯，叫科學院祭酒吧，從此之後六部九卿改為六部十卿，正二品，如何？”

“科學院？”方以智道：“皇上，敢問這科學院署理的是什麼事物？”

朱駿道：“天文、地理、格物、工藝、農學無所不包，只要有擅長專學者，都可入院研究，國庫每年按時提供經費，科學院還可設定獎勵，但凡成績突出或研究出實物的學者，都可配發勳章，給予獎勵，朕在南京新都已下令建設科學院，其規模與翰林院相等，朕取士不看文章，不問八股，只看是否有獨到的學識和技藝、專業本領、特殊才能。科學院下設十司，一為天文司，二為地理司、三為物理司、四為化學司、五為生物司、六為醫藥司、七為農學司、八為工藝司、九為哲學司、十為藝術司。每司設主事一名，從三品銜，各司有侍讀、侍講、再徵募奇能之士入院為博士、修撰、編修、檢討等官。”

方以智垂坐錦墩之上，一副道貌岸然的高僧之相，可是心裡卻撲通撲通的狂跳，眼眸中閃露不出的狂喜，他並非在乎名利，經過這麼多年的坎坷，從一個倜儻的風流少年變成了行將入木的老人，名利早已是過眼雲煙，只是皇上要新建的科學院卻讓方以智的心熱乎起來，他原本是儒學世家，後來獵及西學，研究各種學術，如今讓他接掌科學院，實在是大慰平生所願，最重要的是，皇上將科學院提升到與翰林院同等的地位，這就是說，大明的取士之道恐怕要變了。

方以智突然開眸，臉上的褶皺也顯得光滑了不少，彷彿一下子年輕了不少，他站起來頓了片刻，隨後用手一扯，脫去身上的袈裟，現出袈裟內的內衣馬褲，肅然的朝著朱駿道：“皇上，微臣這和尚不做了，今日便退封度蓄髮還俗，這科學院祭酒是否可以立即上任？”

方以智的行為在衙內的文武官員眼裡就顯得有些‘大逆不道’了，不過朱駿倒並不以為意：“你先和朕到江南、嶺南走一走，再回海都去擇選一些良才，等遷都時再走馬上任吧，方愛卿，朕聽說你還有個兒子名叫方中通是嗎？他也曾出過一本《數度衍》的書，熟知天文歷算，方愛卿年紀大了，朕便下旨召方中通將來一道去南京，也在科學院任職吧。”

方以智顯然是個六根不太清淨的和尚，說到兒子臉上又紅潤了一些，方家傳世六代以來，簡直就是大儒的授精氣，