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在此書中，吳有性認為瘟疫並非是六淫之邪侵略，而是因為“癧氣”所致。所謂癧氣，是指天地之間存在的一種“異氣”，用現代醫學的解釋，就是“病毒”。 而且，吳有性確認，癧氣的傳播途徑就是經由人的口鼻進入人的體內，癧氣的盛行是和地區、氣候等有著密切關係。 吳有性還注意到，當傳染病廣為流傳時，健康的人和患者接觸之後，要隔若干天才會顯現出這種疫病的爭創，所以他認為疫邪到發病是有一段間隔的，也就是我們常說的“病毒潛伏期”。 對於治療之法，吳有性也有自己獨到的見解，他認為一種病只有一種藥治療，已經認識的同樣的傳染病不同體質的人會出現不同症狀。 吳有性還提出：“牛病而羊不病，雞病而鴨不病，人病而禽獸不病。究其所傷不同，因其氣各異也。” “種屬免疫”在現代醫學之中是常識，但在當時要得出這樣的結論非常不容易，吳有性為了證明自己的觀點，去探訪鄉下，親自去牛棚、豬圈和雞舍之中實地考察，最終系統地寫入了自己書中。 然而，吳有性的創新理論並沒有得到廣泛的認可，甚至被後來醫學大家們視作“異類”。 清代的中醫大師陳修園對《瘟疫論》如此評價：“創異說以欺人，切不可隨波逐流。” “這明清真是不缺什麼就輕視什麼，換做我大漢，這樣厲害的名醫當然得重視，朕願意千金聘之！” 劉徹羨慕到想搶人，發出高薪挖牆腳的聲音。 可惜，吳有性聽不到。 但是大漢的名醫是可以有機會聽到的。 於是劉徹只能嘆息一聲，轉向大漢：“頒佈朕的旨意，朕千金聘名醫，召天下名醫入長安共商太醫院和太醫學校之事！” 大漢的醫學人才，還是太少了。 可惜不能時空穿梭，不然能搶到手的名醫太多了。 劉徹自言自語：“以朕千古一帝的名聲，若是能去後世招攬名醫，一定能招攬很多吧？” 大臣們：“……” 陛下對自己似乎有什麼誤解…… 但是他們不敢說…… 【我們學歷史時，課本上評論清朝曾經有一句話不知道大家注意過沒有：清朝是封建社會的巔峰時期，也是集大成時期。】 【這裡的集大成，就包括各種文學、藝術，還有醫學都是在對前朝進行總結，也就意味著，它的風氣是保守派佔據上風。】 【創新是需要冒險的，在一個文字獄高壓到動不動因為一句詩抄家滅族的奴清，只去繼承古人經典明顯比創造新理論被人罵“異類”要安全。但這並不代表，“異類”真的是錯誤的。時間會證明，真理總是掌握在少數人手中。】 【多年之後，吳有性的觀點被現代醫學所證實，《瘟疫論》極大地推動了疫病學的發展，溫病的辯證法論治體系不斷完善，擺脫了傷寒理論的侷限，誕生了中醫學領域的新學科——溫病學。】 【時至今日，吳有性依舊是中醫和西醫都一致褒獎的醫學大師，他提倡的“癘氣說”突破了傳統的“六淫說”，“癘氣說”與後來西醫之中的“微生物學”有相似之處，讓他從近代開始備受推崇。】 “哈哈哈哈，真理總是掌握在少數人手中！哈哈哈哈說得好！” 被當世部分保守醫者批評“異類”的吳有性，聽到來自後世的讚揚，激動地手舞足蹈。 時間會證明，他才是對的！他的理論雖然看似叛出了前人的經典，但是創造了新的天地——溫病學！ 這是因為他的作品誕生的新學科！ 【非常可惜的是，一代瘟疫學大師的吳又可，死於清軍的屠城。】 【清軍入關發出“剃髮令”的時候，吳有性因為拒絕剃髮被清軍處死，妻子帶著孩子投河殉情。那個時候努爾哈赤一定沒想過，他的子孫被天花困擾了好幾代，甚至因為天花死了好幾人。】 聽到這話，正在被圍城中苦苦煎熬的吳有性再次發出一陣瘋狂地笑：“哈哈哈哈！報應！都是報應！” 他的妻子卻擔憂地看著丈夫：“又可，你要被清軍處死，不如，我們逃吧！” 吳有性的笑容戛然而止，悲傷地看向妻子：“夫人，是我不好，連累你跟孩子一起死。” 到如今，逃，又能逃到哪裡去呢？ “天幕誇了你，清人沒準不會殺你！”妻子終究不捨得，丈夫如此大才，卻因為剃髮而死。 吳有性淡淡地搖了搖頭：“就算放過我，也會讓我去給清人治病，我不願意，依然還得被殺。” 妻子聞言，眼淚立刻下來了。 是啊，丈夫既然會拒絕剃髮，又怎麼不會拒絕給入侵的蠻夷看病。 換作她，她也不願意！ “就這樣吧，這樣就很好了。”吳有性看了看孩子，衝著孩子招手讓他過來，