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地學子紛紛登名社錄，爭入瓊林之門。瓊林諸子也不遺餘力的栽培進門弟子，大有把持科場之勢。

從嘉靖四十一年起，至今八次春闈加兩次恩科，共十次大比中，三十名一甲進士，瓊林派佔了六成，七百名二甲進士，瓊林派佔了五成，兩千五百名三甲進士中，也有三成左右……這還是萬曆皇帝在八年、十一年的殿試中，故意排擠瓊林派出身的進士的結果。

對瓊林派把持科場，自然有人看不順眼，一些北方和西南士人便公開說：‘孰元孰魁，孰先孰後，瓊林已編定無遺人矣。’但無論如何，沈默當初設想借廣收門徒，以控制士林、把持科場，最終達到左右政權之目的達到了。

最早的瓊林諸子，在萬曆初年便當上了侍郎尚書，甚至登閣拜相，把持了萬曆初年的朝政。儘管他們與晉黨以及萬曆皇帝的鬥爭中紛紛下野，然而他們的首代弟子已經成長起來，紛紛上位接替，繼續把持內閣六部、兩京各省……

萬曆自然不會罷休，他繼續鬥爭，繼續把瓊林派趕出朝堂，至少趕出北京，眼不見心不煩。據說在東暖閣有一扇屏風，上面密密麻麻寫滿了瓊林派成員名單，每當吏部擬任命官員，萬曆就讓人在上面找名字，沒有，透過，有，否決。他希望以這種方式，來漸漸完成對瓊林派的清洗，應該說是個很穩健的辦法。

然而魔高一尺道高一丈，萬曆九年留都大會，瓊林派成了王門盟主，換言之，全天下的王門中人，不管是泰州派還是浙中派，亦或是江右派、這種小派別的，都要聽其號令。