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經很明確了，尼古丁分解產物可替寧會沉積在膀胱和腎臟，而尼古丁這種強烈致癌物質可以在吸菸者尿液中檢查出來。今天，結腸癌已經變得很普遍，但是自從1966年後，沒有一個病例對照研究提到咖啡可能與之相關。也有人提出乳腺癌和咖啡有一定的關係，因為有人在乳腺纖維囊性病變和咖啡因之間發現了“因果聯絡”，之後由於沒有可以成立的證據，乳腺癌和咖啡之間存在聯絡的說法就銷聲匿跡了。沒有科學證據發現咖啡和卵巢癌、前列腺癌、良性前列腺增生之間存在因果關係。高血壓檢測隨訪專案研究對一萬例高血壓患者及其喝咖啡的習慣進行了為期5年的研究，結果顯示，對不喝咖啡和不攝入咖啡因的人，以及輕度、中度或重度咖啡飲用者來說，癌症發病率都是1％，沒有任何區別。
最近，針對日本人群的研究發現，喝咖啡習慣與肝細胞癌（HCC）風險降低存在聯絡。綠茶在日本人中很流行，但研究者用同樣的資料分析發現綠茶和HCC風險無關。另外一項研究也顯示，咖啡對肝臟具有保護作用。分析發現，與每天喝1杯或少於1杯咖啡的人相比，每天喝2杯或以上咖啡的人，在20年間因肝病住院或死亡的比例只有前者的大約1/2。
結腸直腸癌由於惡性程度高是美國第二位主要死因。大約5％的美國人會發生結直腸癌，估計每年新發病例達到萬，死亡萬。喝咖啡和結腸癌之�
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