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據憲法賦予的權利佔據這個位置的。”結果，聯邦委員會以129票反對、13票贊成的表決結果否決了該法律草案。普京削減地方長官權力和設立“垂直權力機構”的計劃遭到嚴重的挫折。如果不讓聯邦委員會行使否決權，就必須有三分之二的杜馬議員投贊成票。但是由於有一半的杜馬代表是由地方選舉產生的，地方行政長官有對其施加影響的槓桿，因此鬥爭進入白熱化。

6月30日，國家杜馬以408票透過一份呼籲書，表示願意與上院合作。他們呼籲成立一個協調委員會，對法案做出三點修改：第一，逐步更換聯邦委員會的成員；第二，由聯邦主體領導人親自任命地方執行權力機關駐上院代表；第三，派出機構可以召回自己在聯邦委員會的代表。如果聯邦委員會不接受關於成立協調委員會的建議，杜馬就推翻上院的否決。7月19日，國家杜馬透過修改後的聯邦委員會組成方式法案，同時推翻聯邦委員會對總統有權撤銷地方領導人法案的否決。

2000年8月，上述法案相繼得以簽署生效。隨後出於安撫的考慮，普京在9月1日宣佈成立由一些聯邦主體的首腦和議長提出的聯邦國務委員會，同時批准了聯邦國務委員會條例。條例規定，國務委員會為諮議機關，其職能是協助國家元首行使職權，確保國家權力機關的協調運轉和相互協作。其主要任務是討論有關聯邦與聯邦主體相互關係的問題、國家建設和鞏固聯邦制基礎的問題，以及有關機構對聯邦憲法法律、聯邦法律、俄聯邦總統的命令以及俄政府決定的執行情況，並向俄總統提出相應的建議。國務委員會還將協助總統解決聯邦權力機關和地方權力機關之間的分歧，並根據總統的建議討論聯邦法律和總統令草案、聯邦預算執行情況、幹部政策以及其它重大問題。

經過一系列的成功運作“可以說，國體四分五裂的時期已經過去了。”

“整黨”

在葉利欽時代，由於其在杜馬沒有自己的政治黨團，而以俄共為代表的左翼政黨聯合社會上其它左翼力量在杜馬中組成了強大的反對派，使葉利欽提出的各種法案在第一、二兩屆杜馬中受到了強有力的抵制。

1999年的第三屆杜馬選舉中，親政府的“團結”運動雖然獲得了勝利（佔據了第二大黨的位置），但俄共仍是杜馬第一大黨，而且在2000年1月18日的第三屆國家杜馬第一次全體會議選舉杜馬主席和各委員會主席時，俄共的謝列茲尼奧夫被選為國家杜馬主席，同時在國家杜馬27個委員會中俄共獲得了10個職位。

鑑於俄共勢力的強大以及它在群眾中的影響，普京在執政初期對俄共採取了懷柔與籠絡的態度，設法改善同俄共的關係。普京在當選總統後的一次講話中說，儘管人們對俄共可能會有各種各樣的看法，但他認為俄共是俄羅斯目前惟一形成了體系的黨。俄共當時對普京也採取合作態度，在杜馬中支援了普京提出的一些法案。

但從內心講，普京並不願意保持這種“危險”的平衡。2000年5月27日在他的授意下，“團結”運動在克里姆林宮召開第二次代表大會，宣佈改建為“團結”黨。此前，“我們的家園—俄羅斯”、“全俄羅斯”運動、“俄羅斯統一與和諧黨”等已宣佈解散或停止活動，並號召其成員以個人名義參加“團結”黨。加入該黨的原“家園”領導人切爾諾梅爾金也參加了成立大會。普京更是親臨會場祝賀並發表講話，希望“團結”党進一步發展壯大。“團結”黨領導人強調，該黨面臨的任務是發展成為執政黨。

隨後為了對那些長期盤據俄政壇、勢單力薄的政治組織進行一次毀滅性打擊，把目前的近180個政治組織變成幾個有固定群眾基礎的政黨，加強國家對政黨的管理，最終建立以兩黨或三黨製為基礎的多黨制政治體系，普京於2000年12月26日在克里姆林宮會見了國家杜馬各議會黨團和議員團領導人，同他們討論了政黨法問題。會後久加諾夫和團結黨議會黨團領導人格雷茲洛夫表示支援普京總統提出的政黨法草案，並決定在2001年1月的國家杜馬會議上進行審議。

2001年6月21日經過反覆討論和修改，俄羅斯國家杜馬三讀透過了《俄羅斯聯邦政黨法》，聯邦委員會於6月29日也批准了這一法案。接著普京總統在7月12日簽署了《政黨法》並予以正式頒佈。《政黨法》對政黨的成立、登記和撤銷、黨員的人數和地區組織的數量、政黨的宗旨和活動形式、政黨的權利和義務等問題都做了詳細的規定。其中比較重要的有以下一些內容：政黨必須擁有1萬名以上成員，並且至少在一半以