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有佈置，有步驟。他不會一暴十寒，然而他也不求一勞永逸，只是一步一步，腳踏實地去幹。我們所不能滿意的是居正對於起義的人民，沒有正確的認識，因此止知道如何去鎮壓；同樣地他對於沿邊的少數民族，除了利誘威服以外，沒有采取進一步靠攏和爭取的方法。

對於用人行政方面，他也是一步一步幹著。萬曆二年四月，實行久任之法，這是他在隆慶二年《陳六事疏》中已經說過的。十二月內閣進職官書屏。居正上疏：

仰惟皇上天挺睿明，勵精圖治，今春朝覲考察，親獎廉能；頃者吏部奏除，躬臨銓選，其加意於吏治人才如此。顧今天下疆裡，尚末悉知，諸司職務，尚未盡熟，雖欲審別，其道無由。臣等思所以推廣德意，發達聖聰者，謹屬吏部尚書張瀚，兵部尚書譚綸，備查兩京及在外文武職官，府、部而下，知府以上，各姓名籍貫，及出身資格。造為御屏一座，中三扇繪天下疆域之圖：左六扇，列文官職名；右六扇，列武官職名；各為浮帖，以便更換。每十日，該部將升遷調改各官，開送內閣，臣等令中書官寫換一遍。其屏即張設於文華殿後，皇上講讀進字之所，以便朝夕省覽。如某衙門缺某官，該部推舉某人，即知其人原系某官，今果堪此任否？某地方有事，即知某人見任此地，今能辦此事否？臣等日侍左右，皇上即可親賜詢問，細加商榷，臣等若有所知，亦得面盡其愚，以俟聖斷。一指顧間，而四方道里險、易，百司職務繁、簡，一時官員賢、否，舉莫逃於聖鑑之下。不惟提綱掌要，便於觀覽，且使居官守職者，皆知其名常在朝廷左右，所行之事皆得達於高聰：其賢者將兢兢焉爭自淬勵以求見知於上，不才者亦將凜凜焉畏上之知而不敢為非。皇上獨運神智，坐以照之，垂拱而天下治矣。（奏疏三《進職官書屏疏》）

在職官方面，明代定都北京以後，南京六部諸寺，實際成為贅疣。嘉靖、隆慶間已經開始裁革了。萬曆三年二月裁南京官，以後再經過九年的裁革，除了養望的大官和必需的屬官以外，差不多已經調整，這都是居正任內的成績。

三年四、五月間，居正上《請飭學政疏》，這是一個極大的改革。明朝的學制，兩京國子監是直轄中央的國立大學，與地方無干。各府、州、縣有府學，州學，縣學，都有一定學額，歸各省提學官管轄。鄉村之中又有社學，民間子弟自由入學，不受學額底限制，但是沒有強迫入學的規定。當時的問題，集中在地方學制的府、州、縣學。

太祖洪武年間規定，府學四十人，州學三十人，縣學二十人，日給廩膳，稱為廩膳生員。洪武十五年定令，廩膳生每人每月領米一石，魚肉鹽醯，由官供給。宣宗宣德三年規定，府、州、縣學各設增廣生員，學額與廩膳生員相同，他們沒有領米的權利，但是和廩膳生員一樣，一家之內，除本身外，優免二丁差役。換一句話，就是家中只要一人入學，可以三人免役。以後增廣生員以外，又添附學生員，現代術語稱為特別生，他們當然更談不到廩米，但是免役的權利，還是一樣。廩膳生員，增廣生員，附學生員，簡稱廩生、增生、附生；有時只稱廩、增、附。通常人用漢朝科日秀才異等底名稱，稱為秀才。這些秀才，有米可領，遇役可免：文理通順，學問優長的，當然還可以考取舉人、進士底出身，為國家做事；但是大多數永遠只是秀才，做一世的府、州、縣學主員，領米免役，成為地方的特權階級。這一群特權階級人物多了，發生連帶關係，在地方上隱隱成為一種勢力，可以欺侮一般民眾，同樣地也可壓迫地方官吏。他們儘管滿口孔子、孟子，聖經、賢傳，講道德，說仁義，但是事實上只是地方的禍害。這便是所謂學霸。嘉靖十年題準：“生員內有刁潑無恥之徒，號稱學霸，恣意非為，及被提學考校，或訪察黜退，妄行訕毀，赴京奏擾者，奏詞立案不行，仍行巡按御史拿問。”（萬曆本《明會典》卷七十八）便指的這些人。

萬曆二年，特敕吏部“慎選提學官，有不稱者，令其奏請改黜。”去今已經一年了，但是還沒有看到成績。居正認定惟有控制各省提學官，才可以控制生員，疏稱：

臣等幼時，猶及見提學官，多海內名流，類能以道自重，不苟徇人，人亦無敢幹以私者，士習儒風，猶為近古。近年以來，視此官稍稍輕矣，而人亦罕能有以自重。既無卓行實學，以壓服多士之心，則務為虛譚賈譽，賣法養交；甚者公開幸門，明招請託；又憚於巡歷，苦於校閱，高座會城，計日待轉。以故士習日敝，民偽日滋，以馳騖奔趨為良圖，以剽竊漁獵為捷徑，居常則德業無稱，從仕則功能鮮效，祖宗專官造士之意，駸以淪失，