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然而，麻煩又來了。科裡對原子的位置作了認真的計算，表明處於中心位置的氧實際上捱得太近，無法裝配在一起。12月初，鮑林重新開始扭曲和擠壓這個磷酸八面體。有人向他提了這樣一個問題，也就是利用他這個模型，怎樣才能創造出一個DNA的鈉鹽，其中帶正電的鈉離子像設想的那樣依附在帶負電的磷酸上。在他這個擠壓得嚴嚴實實的核中，已經沒有鈉鹽的容身之處，是不是？鮑林不得不承認，他無法找到適當的方式來裝入這些離子，不過，他以後會把思路理得更清楚。除了這一點以外，其他結果還是應當肯定的。利用克里克的數學公式對這一設想的結構作計算，可以表明，他這個螺旋模型與大多數X光資料是符合的。當然，並不是所有資料都符合。舒梅克也獨立地嘗試了一些模型，而且還找到了一種扭曲磷酸多面體的方法，使其中的磷酸不那麼擁擠，但是，鮑林一時也找不到理由改變他的想法。處於核心的磷酸天衣無縫地團聚在一起，不可能不正確。

在鮑林的頭腦中，其中心問題在本質上可以歸結為涉及到磷酸結構化學特性的問題。他想，DNA的生物學意義以後一定會搞清楚；要是結構是正確的，那麼生物學上的重要性自然會透過某種方式體現出來。在這一點上，他的任務是弄清楚結構，而不是明確其功能。因此，他沒有考慮在分子附近的較大範圍內具體的情況，而把全部心思集中在一件事情上：尋求一種方法將那些磷酸放置到分子的中心部位，並且要保證由此得到的螺旋能符合現有的資料。

他在阿爾法螺旋問題上取得了成功，因此他深信自己的研究方法是正確的。他曾經用嚴格的化學原理建造了蛋白質螺旋結構，並且面對矛盾的資料發表了這一個結果，只是在後來才找到需要的事實來回答批評他的人。現在，他也相信自己有能力衝到這類人的前面，運用他在化學方面的深厚功力，挑選一種直觀上一看就是正確的結構。如果你想耐心地等待，直到每一個疑團都解開，那麼你永遠也別想人家會承認你作出的任何發現。況且，他感到自己設想的三螺旋結構是正確的。

聖誕節前一個星期，他致函劍橋的託德說：“我們相信，我們已經發現了核酸的結構。實際上，我已確信無疑……這是一種非常美麗的結構。”鮑林知道，託德是對一種經過提純的核酸進行研究的，因此他請求託德寄一些樣品給他作X射線分析。一科裡博士和我本人都深感不安，至今尚無一篇報道，說明已有人精確測定過任何一種核苷酸的結構。我們已經認識到，有必要在我們的實驗室裡進行一些結構測定的工作。我知道，卡文迪什的學者們正在進行這一方面的研究，不過，這是一個十分龐大的領域，我們不能指望他們把一切事情全都包下來。“然後，鮑林又寫信給兒子彼得，寫信給多諾胡，稱他希望不久就能完成一篇有關核酸的簡短論文。

但是，這一種結構仍然是不夠正確的。科裡又重新作了一系列計算，發現磷酸相互擠壓得太厲害，相應的原子之間換得太近，因而是不合情理的。鮑林打算對這種結構再作些調整和修補，有些地方要變一變，另一些地方則要壓一壓，爭取離答案近一些，不過仍然無法達到完美無缺的地步。

正當鮑林為DNA結構一籌莫展的時候，又發生了另一件令人心煩的事情。12月23日，聯邦調查局專職密探、國會調查委員會的心腹布登茲，在眾議院的一個調查慈善基金會情況的特別委員會會議上公開作證，稱鮑林作為古根海姆基金會顧問委員會的一員，是一名未公開身份的共產黨員。布登茲還怕人家說他不夠賣力，居然抖落出各種不同團體原23名擔保人和3名官員的名字。這些人和鮑林一樣，與共產主義毫不相干。布登茲的證詞自然會激怒許多與一些強大的基金會有密切聯絡的顯要人物，最終將會使人們對麥卡錫主義產生強烈的不滿。但是，在短期內，宣佈這一訊息的時間——聖延節前兩天，也就是新聞媒體正苦於沒有記者作追蹤報道，為找不到轟動的頭版標題而發愁的時候——這些被點名的人將很難有機會反駁，所以他們受到的傷害就特別嚴重了。

大部分時間裡，鮑林一直遵守著自己在一年以前作出的決定，沒有進行積極的政治活動。此時，他感到自己像被毒蛇咬了一口那樣難受。他用自己典型的方式作出了直截了當的反應。“那是徹頭徹尾的謊言，”他對新