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立即動手術。諾伊斯被手術嚇壞了，堅決反對這樣做。除了海耳、密立根和幾個最親近的朋友，他沒有把病情告訴任何人。他開始離開學校，一個人獨處。有時在學校附近聖帕斯科的小屋，有時在科羅那得馬的海邊別墅裡。在那裡，他可以靜靜地欣賞海鷗翱翔，海浪翻滾，耳邊是海風帶來的海灘上人們的歡聲笑語，腦海中浮現出科德角的浪花和自己在義大利陽光燦爛的日子。在那裡他可以暫時忘卻學校的煩心事。

儘管諾伊斯竭力隱瞞自己的病情，學校裡不久就已傳得沸沸揚揚了。

鮑林的反應正是大家最害怕看見的。多年以來他就期待著能夠取代諾伊斯，現在看來時機到了。需要立即作出一系列的決策，包括有機化學的發展計劃，與洛克菲勒基金的長期關係，以及由於大蕭條造成的新的化學樓的延期。諾伊斯似乎放棄了任何決策，而鮑林需要知道下一步將會發生什麼，特別是他繼任系主任的時間表。但是沒有一個人跟他提過這件事。諾伊斯處於半隱居狀態，而密立根則對他敬而遠之。最後，鮑林決定自己採取行動。1935年7月，他借俄亥俄州立大學給他的一份邀請，要求和密立根討論一下自己的處境。

這次會面是一場災難。密立根是諾伊斯的親密戰友，對於朋友的疾病感到很憂慮；他目前最不願意處理的就是鮑林顯而易見的又一次加薪的要求。鮑林抱怨經費緊缺，告訴密立根應該撥給化學系更多的資金，還提醒他在別的大學中化學相對於物理的優越地位，由此會談的氣氛急轉直下。密立根根本就不屑於回答鮑林的這些問題；在他看來，只要諾伊斯一息尚存，還是化學系主任，經費的問題完全不用鮑林來操心。接著他意識到了鮑林此行的真正動機：他需要保證自己在諾伊斯死後獲得系主任一職。密立根勃然大怒。他強壓怒火，對鮑林說，學校沒有打算增加化學系在學院經費中的份額。然而當鮑林一再回到系主任任命這一話題上的時候，他再也按捺不住了。密立根告訴這位自負的年輕人說，他太年輕，甚至連繫主任一職也休想考慮。就他個人而言，鮑林在以後的十到十五年中也不用費神去考慮擔任那一類行政職務。接著他把鮑林轟了出去。

鮑林一下子懵住了。密立根的話徹底推翻了他原以為板上釘釘的自己前程的安排。而且密立根說他年輕，不足以擔此重任的話也毫無道理。鮑林已經34歲了，比斯雷特負責麻省理工學院物理系時還年長3歲，比科南特被提名為哈佛大學校長時也小不了幾歲。一定是別的什麼出了岔子。

鮑林整整用了兩個星期的時間才重新認識了自己的位置，他決定非要弄個明白不可。他老調重彈地給諾伊斯送去一封措辭謹慎的信：“我覺得我不得不離開學院。……唯一令我感到遲疑的是，我可能誤解了您曾經囑咐我的，要我制定發展化學系的規劃，併為我安排相應角色的話。”

諾伊斯在科羅那得馬收到了這封信。幾個月來，他一直避免作任何決定，但是現在看來他必須正面解決鮑林的前途問題了。他一直擔心這會使他在生命最後幾年中苦心經營的化學系分崩離析。他叫秘書把鮑林的信複寫了一份親手交給海耳，還親自寫了一段話。“鮑林好大喜功，野心勃勃，惟我獨尊，但是我確實相信，他主要的思路是在其研究領域之外建立一個更大的研究中心。”然後他要求緊急約見托爾曼、海耳和密立根。

在會議上，大家很快意識到問題沒那麼簡單。密立根希望托爾曼能夠繼任；他不僅資格老，而且是合適的人選；他和密立根以及加州理工學院最大的那些施主參加同樣的私人俱樂部，屬於同一個社交圈。在另一方面，每一個人都還記得鮑林剛讀研究生時的模樣。他來自窮鄉僻壤，一貧如洗，和年輕的太太和孩子住在一間租來的破舊屋子裡。他怎麼能夠應付那些學院需要交好的百萬富翁呢？密立根特別擔心魯莽的鮑林在自己理事會前的表現。然而諾伊斯仍然不相信託爾曼會全身心地投入到化學系或者管理工作中去，他爭辯說，失去鮑林將是學院的一大損失。托爾曼本人對獨自一人取代諾伊斯表示了保留的意見。

最後，大家達成了妥協：對化學系採取分治管理的模式。鮑林將稱為名義上的系主任，但是他將和一個新的化學系委員會分享他的權力。這一委員會包括五名成員，將最終決定任命、提升、工資和預算等問題。托爾曼將作為化學系在加州理工學院執行委員會中的代表，負責與理事們打交道。

這一計劃是在7月份制定的，但是在11月正式公佈的時候，鮑林的角色受到了進一步的削弱。也許諾伊斯還不願就此退休；也許化學系的教師反對原先