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類的重要人物表明，他將成為加州理工學院化學和化學工程系的下一任系主任。

乍一看來，這一決定驚世駭俗。因為化學系裡不乏比鮑林年長和更富有學術經驗的科學家——包括全國聞名的理查德·托爾曼——但是諾伊斯認為前途比經驗更重要。他寫道，“年齡的大小肯定不是主要的考慮因素。”化學系主任超越一切的品質應該是“全身心地投入於研究工作……善於接受並發現新的思想。”同“制定未來科學研究新計劃的能力相比”，行政能力是第二位的。

在這一點上，鮑林沒有競爭對手。托爾曼的研究越來越孤僻——對宇宙哲學的思考取代了與化學相關的重要工作——而且不管怎麼說，他從一開始任教的時候，就反覆聲稱自己對行政工作沒有絲毫的興趣。威廉·雷西、斯圖爾特·貝茨和迪金森，這些比鮑林的資格都要老的教授們則都滿足於教學，滿足於從小實驗室裡機械地製造出一些研究成果來。諾伊斯認為只有鮑林具備領導的才能。他充滿新思想，掌握新技術，能夠吸引最優秀的學生，能夠掌管一個大型的、多產的實驗室，而且與洛克菲勒基金會關係很密切。儘管任何一個老資格的學者都有能力領導化學系，只有鮑林能夠壯大它。早在1932年，諾伊斯就告訴韋弗說，鮑林可能是他的繼任者。

後來他動搖了。隨著時間的推移，他在鮑林身上發現了一些令他不快的東西，一些與自己的價值觀大相徑庭的品質，這不得不令他對自己交班的計劃再斟酌一番。儘管他的綽號叫亞瑟王，他實際上只是一個貴族。他信仰合作的、公司式管理模式，執行長在採取行動前需要聽取擁有相當實權的教師委員會的建議；教師們透過自己的委員會，實際上左右了系裡的多數決策。諾伊斯不喜歡德國化學研究所中的管理模式——大師的研究工作處於中心地位，其決策權威不容質疑。諾伊斯的管理形式正是在考察了德國模式之後的個人創造；他認為，德國模式造就的是追隨者，而不是具有獨立思維能力的學者，“這一體系的結果常常是，領頭的一位傑出人物不堪煩瑣的行政事物的重壓，而手下是一群差強人意的學者。”

隨著鮑林研究工作的擴充套件，他在許多方面採取了諾伊斯所不願意看到的態度。在鮑林的實驗室裡，鮑林決定應該問什麼問題，並用什麼手段來回答這些問題；他指派別人來為他解決問題，而不向他們傳授獨立思考的技巧。在這令人激動的學術環境中，卓有成效的研究工作有條不紊地開展著，鮑林的學生和博士後從來不抱怨；他們正在學習一種化學新思維，日後將幫助他們叩開各地最好的研究中心的大門。

抱怨來自其他的教授。鮑林不僅以德國模式來經營自己的實驗室；他還捍衛自己的利益和自己的研究，而把整個系的需要放在第二位。一位教授將這種風格稱為“富有侵略性的管理風格”，那些現在和鮑林平起平坐，很快將在他領導之下工作的教授們並不欣賞這一種風格。在30年代中，系裡出現了一股反對鮑林的思潮。年長的同事視他為一個妄自尊大的人；年齡相當的同事則嫉妒他的一舉成名。這是一種長兄式的嫉妒：每個人都知道鮑林深受國王寵愛，是“諾伊斯的心腹”。鮑林正致力於自己的研究工作，既沒有時間，也沒有興趣來平息同事們的怨氣。

諾伊斯對此非常擔心，同時對鮑林不問學院大事的態度也深表憂慮。這位年輕人對自己事業的奉獻精神是毋庸置疑的。他不合群，首先是為自己，其次是為化學系，最後才是加州理工學院。他對於學術政治一竅不通，也毫無興趣；他對學校當局下達命令，而不是提出請求。密立根不喜歡他。諾伊斯在自己的門徒身上發現了令他困惑的急躁和不講情理。隨著鮑林越來越成功，這種傾向愈來愈明顯了。

另一方面，鮑林出色地履行了自己在系務委員會里的職責，而且是一位極其出色的教師。他對於系裡的課程安排，特別是本科生學習化學的方式還有那麼點興趣。也許可以指導他更關心一些學院方面的事務。在30年代早期，諾伊斯草擬了一份計劃，讓青年教師參加一個政策委員會，透過與加州理工學院行政管理人員的協商來“瞭解學院的問題和想法”；在化學系中，他提名鮑林和托爾曼參加。還有一次，鮑林記得，諾伊斯指定他為化學系的“執行官”。諾伊斯設立這一職位也許是為了給鮑林創造一塊最終登上系主任寶座的墊腳石。“但是作為執行官我沒有做任何事情，”鮑林說。“他沒有讓我承擔任何職責。”

正當諾伊斯遲疑不決的時候，在1935年初他受到了致命的打擊：他被確診患有結腸癌。醫生告訴他，他唯一的機會是