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錯誤”。

然後，林奇又試圖從另一個角度來打擊鮑林。她在約翰·霍普金斯大學獲得了一份臨時性職位，與在那裡工作的大衛·哈克進行了交談。哈克在學生時代就與鮑林有過摩擦。林奇向他訴說鮑林如何對自己進行攻擊，如何不讓她發表自己的反對文章，哈克深表同情。同時哈克也向林奇談了自己對鮑林的看法，他覺得鮑林用共振來解釋化學鍵的一切現象，有些隨心所欲，不著邊際。最終兩人合作在1940年春天的《化學物理學雜誌》上發表了一封簡訊，提出了一種不用共振理論來研究化學鍵的新方法。儘管信中只在腳註中提到了鮑林，但是顯然對鮑林最基本的科學手段提出了挑戰。

鮑林以一個受到背叛的父親的口氣給哈克回了一封信。“我剛剛注意到你和多蘿西·林奇又一次合作的那封信……我認為這表明你需要接受一些忠告。信中總的語氣是對此間研究工作的批評。即便這一批評有一定的根據，學院對你的培育之恩也應該使你對自己的行為三思而行。”在作出一些具體的批評之後，鮑林最後說：“儘管粗心的讀者可能會錯誤地認為你們的信是對科學認識的小小的貢獻，我不覺得有必要作出答覆以糾正這一認識的錯誤

……我認為你應該有更好的事幹，有更好的搭檔。“接著他寫信給刊物的編輯，說在發表哈克一林奇的信之前先將稿件送給他過目是更為明智的做法。

鮑林四處耀武揚威，而哈克憎惡的正是這一點。他回信說：“我不時聽到傳言，有關您對待林奇博士和阻止她發表自己理論的不公正的態度。我一貫認為——並宣稱——您不可能採取這樣的舉動。……如果我不得不相信這種傳言的話，將萬分遺憾。”

在鮑林和尼曼最初的論文發表19個月後，經過刪節的林奇的反駁文章終於在《美國化學學會學報》上發表了。不過此時環醇理論和林奇的學術生涯都已經結束了。韋弗通知她說，洛克菲勒基金將停止向她提供資助，五年的時間用來說服她的同事們接受環醇理論已經夠長了。她失去了經濟來源，也無法發表對鮑林的進一步的批評意見。在1940年末給朋友的一封信中，她寫道：“我徹底絕望了，因為我所處的環境是一個強權體制，就像希特勒統治的德國，只有有權有勢的人才能生存……這個新的鮑林體系打敗了我。他是一個危險不過的傢伙。……連正直的人也不敢對他提出異議。他聰明、敏捷，在反擊時毫不留情，我覺得所有的人都懼怕他。只有可憐的我指出了他的錯誤：實際上沒有別的人敢於這樣做。

林奇將在默默無聞的科學生涯中度過下半生。她仍舊不屈不撓，直言不諱，仍舊堅信自己的環醇理論。她對每一個有興趣的人談論自己美麗的蛋白質結構，控訴鮑林和同夥們如何壓制自己。林奇事件使每一個當事人都臉上無光。它毀滅了林奇的事業，使她在廣泛的學科領域裡具有的學術能力終結於一個失敗的研究專案。它加深了鮑林和哈克的齟齬，使其多年後也難以調和。這助長了謠傳，說鮑林是一個惡霸，會無情地將持不同意見者打翻在地。這場半公開化的科學論戰也使一個誰也不願意疏遠的人感到困惑：韋弗。在1939年末的一封信中，這位洛克菲勒基金會經理不動聲色地表露了自己的不悅，顯然是針對鮑林的：“我覺得到目前為止，在對蛋白質問題的理論研究上十分活躍甚至有些激烈的爭論，都是為了一個有用的目的；現在更為重要的是獲得一個更為廣泛、更為可靠的事實體系。任何高談闊論都比不上無言的事實更有說服力。”

林奇後來將她的遭遇歸結為性別歧視。她對朋友們說：“噢，是Y染色體在作怪。如果我擁有Y染色體，人們就不會在公共刊物上用這種語氣對我說話了。”性別歧視無疑是禍根之——當時的科學界普遍存在這種現象，在加州理工學院更是司空見慣的事。但是對鮑林而言，這一影響並不大。在愛娃·海倫的影響下，鮑林在時代允許的範圍內是最為“開放”的；他敬重本領域內其他幾位女科學家的研究成果，如多蘿西·克羅夫特·霍奇金。他對朗繆爾的攻擊也同樣激烈。然而朗繆爾根基牢固，沒有受到什麼影響，而林奇則不堪一擊。

實際上，每一個和林奇有過接觸的蛋白質學者早已有類似的想法，而跑林只不過是以書面形式更為完整和強烈地把這種思想表達了出來罷了。Y染色體也不能使環醇理論變得正確。

但是，林奇事件也揭示了鮑林性格中陰暗的一面。辯論雙方的事實依據都不充分——正如林奇指出的，不可能斷言環醇結構不存在。事實上，在50年代，另一位學者在某些麥角生物鹼中發現了與環醇類似