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遠古時代是科，更早是屬和種”。可見，現在的分類法同從前的分類法是相聯絡的，兩者都是“自然的”。作者反對那種舊的“用創造者的通盤計劃”來解釋過去形態的現在形態之間的相似。他試圖提出自己的進化的解釋。首先，他建立有機界和無機界的聯絡和相互依附關係。他還設想，這種聯絡是“按年代的”，即植物機體曾經是由無機物晶體演化而來的，因為晶體在電的幫助下，會成為象樹一樣的形狀。正電所形成的影象象有枝葉的灌木一樣，而負電形成的影象就象一束樹根一樣。如果地球充的是負電，而大氣層充的是正電，那麼“我們可以想象，植物就會是一種象電刷子一樣的東西”。於是，作者認為，試驗正在指出“萬能者藉以使各種形態的植物出現的那些手段的痕跡”。

作者的其他一些論斷，同樣也是不科學的和空想的。但是，為了證明動物界的發展，他也象現在任何一個進化論者一樣，引證了胚胎學和古生物學的資料，引證了發育不全的器官；敘述了一種類似生物遺傳學規律的東西：人經過了鞭毛蟲、蠕蟲、魚、兩棲動物、鳥（原文如此！）和低等哺乳動物等階段。他認為，發展的情況是這樣的：在蛋白質內藉助於電就形成了（現在也可能形成）一個有核的小泡（小細胞），而這個小泡繼續發展，產生許多動物的形態。這些形態是兩種因素的結果：一、發展的願望或動機，二、適應的動機。靈長目和人的始祖是……蛙，因為它的兩隻腿有小腿肚。

這就是對拉馬克和他的理論採取鄙視態度的關於進化的新書，然而內容較膚淺（因為不是由博物學家寫出的）。該書的作者詹博斯，是一個頗愛歡迎的蘇格蘭政論家。達爾文在地質學會會議上見過他，他在會上就達爾文研究的羅埃河谷的“平行階地”發了言，這使他們建立了通訊聯絡：《創造的痕跡》一書究竟出於誰手，這件事只是在四十年以後，達爾文的學說已經取得勝利時，才真相大白。但是達爾文當時已猜到該書的作者是誰。收到詹博斯寄來的一本新版《創造的痕跡》後，他給虎克寫通道：“我確信詹博斯是作者”。這本書一方面引起了讀者極大的興趣（需要再版），另一方面又受到博物學家一致譴責。由此可見，進化思想的聲譽在博物學家中間，被《痕跡》作者這樣的維護者敗壞了。使人以為，要真正成為“演變論者”，即成為物種變化、進化的擁護者，就要沉湎於荒誕怪離的空想，任何關於形態進化的思想都是不嚴肅的。同詹博斯搞在一起是不可能愉快的。達爾文當時應該提防學者們對他的學說進行最嚴厲的批評。他“懷著恐懼和顫抖的心情”讀了幾位學者的評論，例如象地質學家塞治威克對詹博斯這本書的評論，雖然他不認為塞治威克的評論是高水平的。所有這一切使他不再忙於寫他的關於物種的書，並且推遲了最後付排和出版的準備工作。正如他給虎克信中所寫的那樣，“當時他正處於思維清醒的博物學家的輿論中，弄不好會聲譽掃地”。況且，當時他的主要注意力放在新的著作上。

達爾文寫完南美地質學以後，正如給虎克寫的信中說的那樣，“出版一些動物學，以後就歡呼勝利！再出版關於物種的書。”當年在智利海岸時，他找到了一個非常值得注意的蔓足目型別的蟹，它鑽進另一個蔓足目蟹的甲殼裡。後來達爾文為這個被他稱作Concholepas的新形態專門立了一個亞目，這個形態是很獨特的。

蔓足類，或蔓足目蟹，是極為特殊的。這些大海生形態的幼蟲，對於低階的甲殼綱來說，是所謂無節幼蟲典型的六條腿浮游形態。這個無節幼蟲後面長了很多小腿，後來變為蔓足目更為複雜的幼蟲，幼蟲增加了兩片鱗，好象一個介形目的小蟹（“腺介”幼蟲），這個幼蟲用它的觸鬚固定在任何一個培養基上，並再次蛻變為成年的“固定”動物，也就是牢牢地固定在培養基上的動物。軀體上的小腿長成觸鬚一般（該類的名稱“蔓足目”就是由此而來），並用這些小腿的划動把食物送進口裡。鱗上覆蓋幾塊甲殼，而有的型別則好象被小塔一般的石灰質薄片圍繞起來。在激浪地帶，被大量膠狀物質固定在陡峭的海岸上的海中橡實就是這樣。為了弄清他所發現的新蔓足動物的構造，為了作出比較，達爾文開始解剖和研究其它常見的蔓足目形態，這不知不覺地使他有必要重新去研究整個的一類。這部著作花費的時間不是預計的幾個月，而是八年細緻而頑強的勞動。

達爾文的孩子們當時習慣把父親看作忙於製造海生橡實的人，以致有一個孩子問莊園的一位鄰居：“您在哪裡製造您的海生橡實呢？”因為他天真地認為，不僅他父親，而且任何其他人都要研究這一