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著名的災變論者道比尼所竭力證明的美洲各海岸是突然上升的觀點。達爾文在《關於東海岸的上升》這一章中寫道：“假如道比尼曾知道在烏拉圭附近低海岸上存在著含有無數蛤蜊和簾蛤貝殼的兩列相互平行的沙丘地帶，假如他在布蘭卡港看到過有帶有被滾磨得很光滑的浮巖卵石（這種卵石一個挨一個排列成許多平行的行列，其高度至少有一百二十英尺）的巨大沙丘；假如他在該地堡壘附近的低平地上看到含有無數沙丘和在六十英尺高的硝壁邊緣上的這條長線；假如他穿過八海里寬的由一些平引沙丘所形成的長大地帶（這些沙丘要比現在已不能再積聚沙子的科羅拉多高出四十——五十英尺），那麼我就不認為，他能夠設想，這個地區的上升是突然的。毫無疑問，為了把位於各種不同水平上的一排排沙丘積聚起來（特別是沙丘含有大量貝殼時），就需要用很多時間；因此我毫不懷疑，拉普拉塔和北巴塔哥尼亞高地上升的最後一百英尺，速度是極為緩慢的”。

在“關於南美洲西岸的上升”這一章裡，達爾文幾乎按照航行的順序從南到北描繪了他的地質考察。在這裡，他還指出了在更長的距離內、等於沿子午線二千多地理裡的陸地的上升，在現代軟體動物類和蔓足類的貝殼的上升方面，西岸從瓦爾帕來索（一千三百英尺）開始與東岸就不同，發現了很多不同的品種。在康塞普西翁，這種不同的品種在六百二十五——一千英尺處，在奇洛埃島，是在三百五十英尺處，在科金博以及更北一些地方是在二百五十二——三百英尺處，在利馬是在不超過八十五英尺處。他認為，這種不平衡性也是由於衝動力的大小和次數的不同以及地震的影響而出現的。

達爾文在引證歷史上海岸的高度發生巨大變化的證據時，也指出了陸地在上升中長期停頓的可能性，甚至下沉的可能性。

《南美地質考察》的其他幾章包括以下材料：一、關於含有表面沉積物的智利的地質；二、關於判帕斯層系；三、關於巴塔哥尼亞和智利第三紀層系；四、關於深成岩和變態巖；五、關於智利中部和科迪列拉山脈的構造；六、關於智利北部。這裡不談這幾章的內容。因為其中很多東西都已非常陳舊了，我們只是提一提幾個重要的基本傾向，這些傾向能使我們弄清楚他著述中的大量實際材料，這些材料是他非常細心地、有時甚至是他在航行時經過英勇鬥爭才蒐集到的。

首先，我們指出達爾文為建立賴爾的新思想而進行的鬥爭。遵循賴爾的思想，他仔細地估計現代地質因素的作用，並且表明，地殼的形成過程是很長的，很複雜的。他證明，甚至陸地上升（和陸地下沉）基本的持續階段有時也不是一個樣的，而經常發生過程的區域性延緩，有時過程停止，而有時也出現暫時相反的運動。他指出，應當如何尋找這些不同形式運動的遺蹟，應當如何根據這些遺蹟建立反映這個考察資料全貌的地質史。例如，他既考察了在第三紀時陸地廣大地區非常緩慢的下沉，也考察了在中生代極端複雜的運動。

該書另一個特點是對岩石進行詳細的考查，對礦物的產生和岩石的形成（例如在關於劈理和片理的兩章）經常進行頗有創見的分析。

最後，該書第三個特點是，達爾文堅決摒棄任何具有引用聖經和宗教觀念的形式的說明。例如，道比尼對各種不同高度上的和佔有很大地區的判帕斯層系的形成，提出一種用洪水說明沉積層產生的理論。達爾文在對它進行細心而又詳細的分析後說：“如果這種洪水理論不是道比尼這樣著名的博物學家提出的，我是不會提起它的”。

可見，隨著《南美地質考察》在一八四六年的出版，《‘貝格爾’號地質學》也完成了。《‘貝格爾’號動物學》完成得更早一些。第一部（《古生物哺乳類動物》，奧溫編）在一八四○年出版，上面有查·達爾文寫的序言；第二部（《現代哺乳類動物》，華德豪斯編，有達爾文關於現代哺乳類生態學的札記）更早一些，在一八三九年出版；第三部（《鳥類》，約·古爾德和葛瑞編）在一八四一年出版；第四部（《魚類》，列奧納爾德·詹寧斯編）在一八四二年出版；第五部（《爬行類動物》，托馬斯·貝爾編）在一八四三年出版。

在達爾文孤獨的生活中，他的通訊（他竭力同他所有的通訊人認真地保持通訊聯絡）起了不小的作用。在整個研究時期，他同賴爾和虎克這兩個最親近的朋友通訊最多。在老朋友當中，他同表兄弟福克司（如上所述，該人致力於家禽業）的通訊比其他人要多些。福克司從事家禽業，這使達爾文不止一次地向他這個專家詢問，委託他進行達爾文所需要的觀察，而有