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題時提供了許多新的例證和論據，因此使我驚奇，甚至幾乎使我嫉妒……您所使用的每一個字都經過了慎重的選擇，都擊中了要害，其效力象是一顆三十二磅重的炮彈……我的結論是，您不應當是一位植物學家，而應當作一個律師。”

但是論戰並未就此停止。奧溫和亞格西繼續在報刊上攻擊這一理論。看來，他們的論據並不是特別有力的。例如，亞格西堅持說地質證據是完善的，他否認變異。他採取了詭辯的態度。他以諷刺的口氣問道：“如果物種不存在，它們如何能夠發生變異？”好象達爾文懷疑過物種存在的暫時性似的。他甚至達到了曾經否認拉丁文、希臘文和梵文是來自一個共同的起源的地步。他認為這些語言中的每一種都是獨立發展起來的。眾所周知，達爾文透過對各個特性差異的積累把新的變種的起源和新的方言的逐步形成作了比較。

愛沙·葛雷繼續須強地進行鬥爭。他證明說，對《物種起源》進行了神學方面的攻擊是出於誤會，因為達爾文的理論似乎和牛頓的萬有引力理論一樣，也很少涉及較深刻的宗教觀念（我們曾經指出過，愛沙·葛雷本人的宗教觀念是很深的。）他就這一題目一連寫了三篇文章，登在《大西洋日刊》上，總標題是：《自然選擇與自然神學並非水火不相容》。

達爾文再次向愛沙·葛雷表達了自己的欽佩心情。不過他的讚揚聽起來有點語意雙關：“您舉的許多比喻無比的好。在前一封信中，我曾說您是一個律師，那是一個極大的錯誤，現在我要您確信您是一個詩人。不，我向丘比德發誓，我要告訴您，您是由律師、詩人、博物學家和神學家雜交而生的一個混合種！您曾經看到過這樣一個奇人嗎？”

用“神學家”來諷刺愛沙·葛雷，是因為他竟然巧妙地把神學的東西塞進了達爾文的理論。達爾文在十一月二十六日給愛沙·葛雷的信中指出，他認為愛沙·葛雷滑得太遠了，竟認為“變異是沿著某些有利的方向進行的”。達爾文字人反對這種看法。“我不能把每一個別的事物都看成是‘設計’的產物”。難道愛沙·葛雷真認為“扇尾鴿的尾在羽毛的數目上和生長方向上發生變異（意思是，上帝引起的變異），是為了滿足少數人的愛好嗎？”

達爾文在過後不久所寫的幾封信中不止一次地談到這個分歧。他認為“神關心人的愚蠢的業餘愛好”的想法是古怪的。一八六一年六月五日，他寫信給愛沙·葛雷說：“我的意見同您的意見更加不同了。據我看，這並不是被設計的變異使得我所崇拜的神即‘自然選擇’成為多餘的東西，相反，是我最近研究了家養下的變異之後，我看到大量未被設計的變異正準備著進行自然選擇，以便使每種生物都能適應環境。”在一八六一年四月十七日的信中，他說得更明確了：“如果我看到了一個天使從天上下來勸我們與人為善，同時我相信別人也看到了他，因而證明我並沒有發瘋，那麼我就會相信‘設計’的說法。如果我能夠確信，生命和精神以一種未知的形式表現了另一種‘不可權衡的力量’的功能，那麼我就會相信設計的說法。如果人是銅或鐵造成的，而且同曾經存在過的其它有機體沒有任何關係，那麼我或者可以相信設計的說法……”，等等。在一八六一年十二月十一日給愛沙·葛雷的信中，達爾文把愛沙·葛雷所謂的“內在意識”叫做“一個不準確的指導者”。他寫道：“我不能夠同意，說男人的痕跡乳房也是經過設計的。”

達爾文是一個非常誠實的人，因此後來他在一八六○年開始寫的《動物和植物在家養下的變異》一書的末尾反對自己的老戰友，並宣告他不同意愛沙·葛雷的看法，即每一種變異都是上帝預先決定的，並且是沿著一定的路線進行的，“就象人們為灌溉而沿著一定的方向排出的水流一樣。”

正是這種誠實態度使他在這本書中又提到了他對人類起源的觀點，雖然當時他對這一問題還沒有收集到足夠的材料。

一八六○年一月，他寫信給劍橋的一位老朋友詹寧斯牧師說：“關於人類，我很不願意把自己的信念強加於人；但我認為完全隱瞞我的意見是不誠實的。當然每個人都可以自由地相信人類是由於一個特殊的奇蹟而出現的，但我自己既沒有看出它的必要性，也沒有看出它的可能性。”

同時赫胥黎竭力想實現自己的打算，即駁斥奧溫關於人在自然界中的地位的思想。早在一八五七年，奧溫就提出了一種哺乳動物新的分類法，在這一分類法中，他把人跟所有其它的哺乳動物加以對比，把人區分出來，列入特殊的一個“哺乳類”的亞綱中。在這一點上，奧溫依據的是人腦結構的幾個特