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但是達爾文主義的敵人並沒有投降。《每季評論》上發表了一篇文章，達爾文的朋友們認為這篇文章是韋勃甫司和奧溫寫的，其目的是要離間賴爾和達爾文，因為賴爾在社會上享有很高的威望，他對新學說的濃厚興趣是人所共知的。文章中說：“達爾文先生離開了一個博物學家進行工作的寬廣大道而走入了虛幻假設的叢林，這是一大罪惡。達爾文先生認為他可以把賴爾看作他的信徒之一，我們相信他這樣認為是打錯了算盤。我們當然知道，達爾文先生可以對他那位地質學上的兄弟施以強烈的誘惑……但是沒有一個人比賴爾更明確地、更合理地否認了物質可變的說法（文章的作者這樣寫，暗示的是賴爾的《地質學原理》第二卷，在那裡賴爾對拉馬克的觀點進行了駁斥），他這種否認並不是發生在其科學生活的幼年時期，而是發生在其科學生活的精力充沛時期和成熟時期。”接著這位主教希望依靠賴爾的幫助來“徹底消滅這種淺薄而又抽象的理論，正如徹底消滅它的孿生兄弟……《創造的痕跡》一樣”。

賴爾的立場尚未確定。他對《物種起源》深表贊同，他很有興趣地、仔細地閱讀了這本書，但他還不能堅決地“轉向”新的信仰。他繼續和達爾文進行著頻繁的書信來往，經常向達爾文提出一些新的次要的異議，達爾文則逐一給予答覆。達爾文知道，賴爾正在準備寫一部鉅著《人類的古遠性》，因此他期望賴爾在這本書中將堅決地站到他這一邊來。但有時候他也流露出自己的顧慮。因為賴爾年事已高，賴爾以前曾抱有反進化論的觀點，賴爾在“社會上頗有地位”——所有這一切本來是會把賴爾拉向另一邊的。然而賴爾卻巧妙地處理了“與華萊士的衝突事件”，堅決主張公佈“鉅著”的摘要。這部鉅著的成績表明，賴爾是對的。因此達爾文在遇到小小的困難時，繼續向這位聰明的朋友請教。

有一篇對達爾文這本書的評論使他頗為激動，他曾準備在《物種起源》的新版（穆瑞已經主張出第三版了）中對這些攻擊予以回擊。賴爾建議達爾文將原文再稍微擴大一些，在某些地方加進對各種異議的答覆，但不提到持這些異議的人的名字。他還建議達爾文不要親自出面干預論戰。達爾文采綱了這一建議，因為他的朋友們都在積極地繼續“為捍衛達爾文主義而戰鬥”，特別是赫胥黎，達爾文在一封信中說赫胥黎“在傳播魔鬼的福音方面是他的殷勤周到的代理人”。

一八六三年出版的賴爾的《人類的古遠性》一書，既沒有使達爾文字人滿意，也沒有使達爾文的論敵滿意。賴爾所說的最有利於達爾文理論的一句話，達爾文認為，可以說成這樣：“如果物種藉助變異和自然選擇而發生變化這種情況無論何時都被證明是極其可能的話……”。人們從這樣一句話中當然不可能瞭解賴爾本人的看法究竟是什麼。除了一些似乎足以說明物種變化的事實以外，在關於大腦和智力那一章中，他甚至還暗示在動物智力的最高形式同人類智力的最低形式之間還有著鴻溝。

達爾文以懊喪的心情寫信給虎克說：“在這個問題上最有意思的是，賴爾認為，他以昔日殉道者的勇氣採取了行動。”

在美國，反對達爾文這本書的主要是有影響的博物學家亞格西，還有幾個教授也附和他的看法。堅決捍衛達爾文的是愛沙·葛雷，他收到了達爾文的這本書並進行了認真的研究。達爾文曾寫信問愛沙·葛雷：“您最喜歡的是書中的哪一部分？”愛沙·葛雷對此寫信回答說：“我認為最好的部分是這本書的整體，即這本書的結構和寫作方法，大量的事實和巧妙的推論。”愛沙·葛雷曾打算出一本與眾不同的“美國”版的《物種起源》，這一點他很快就實現了。他在美國的《希利曼雜誌》上寫了一篇評論這本書的文章，對這本書備加讚揚。達爾文認為這篇評論寫得非常好。它把亞格西和達爾文兩人的物種起源理論作了對比。愛沙·葛雷證明：前者是多麼粗淺，後者是多麼令人信服；前者是多麼神秘，而後者又是多麼自然。

可是亞格西並未就此罷休，於是新理論就成了一些學術會議上進行激烈爭論的導火線，亞格西、波文教授和其他一些人在會上紛紛發言反對愛沙·葛雷。但是愛沙·葛雷對反對者的論點進行了詳細的批駁。這個發言後來刊登在《美國科學院院報》上，它的校樣寄給了達爾文。

達爾文寫信給愛沙·葛雷說：“您比其他任何人都內行。我認為，您對我這本書十分清楚，如同我自己對它的認識一樣；您在討論問