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存活著。這種說法還得到了西面其他部落的贊同。這讓傑斐遜尤為高興。他成為總統之後，派遣梅里韋瑟·劉易斯研究肯塔基州的巨獸遺址，加入到威廉·克拉克探尋歷史之謎的使命中。除了穿越路易斯安那州，尋找向西北通往太平洋的河流以外，傑斐遜還讓劉易斯和克拉克尋找活著的猛獁象、乳齒象，或其它類似的大型珍稀動物。
他們的遠征失敗了；他們發現的最大的哺乳動物不過是大角羊罷了。後來，克拉克重回肯塔基州找到了猛獁屍骨，傑斐遜心滿意足地把它們陳列在白宮中，今天成了美國和法國的博物館的館藏。人們經常認為古生物學的建立是他的功勞，雖然這事實上並非他的初衷。法國一位知名的科學家曾聲稱，新世界的一切都比不上舊世界，野生動物也不例外。傑斐遜一直希望能證明，這種觀點不過是無稽之談。
他在化石骨的認知上犯了一個根本性的錯誤，他以為它們必定屬於什麼活著的物種，因為他不相信生物會滅絕。儘管他經常被視為美國啟蒙時代的知識分子代表，但傑斐遜的觀點其實和當時許多自然神論信仰者和基督徒一樣：在這個完美的世界中，沒有什麼造物應該消失。
他以博物學者的身份宣佈了他的信條：“這就是大自然的體制。她決不會允許她的任何物種走向滅絕。”他的許多著作中都滲透著這一思想�
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