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①1923年，摩爾根在給一位從前的學生、現在的朋友的信中談到了平衡論的問題。這封信表現出果蠅實驗室中是如何友好爭論的，也表現出摩爾根一貫不肯輕易把事實拔高為理論的態度。他在信中說：“我完全贊成批評平衡論論據不充分的意見，而布里奇斯對這個理論是過分喜歡了。如果對那種或那些有關的‘單位’我們不能賦予客觀的價值，那麼，這個理論無論現在或將來都不過是杜撰。這也許會是真的，也許從一定意義上來講是真的，但這個‘理論’告訴我們的還僅僅限於事實本身。我從一開始就這樣提醒布里奇斯，但一點作甩也沒有。”
的變型腹突變是受食物含水量的影響，而下肢增殖和殘翅變異是受溫度的影響。他還繼續搞胚胎學研究，特別是研究玻璃海鞘的自體不孕和招潮的螯為什麼一大一小。他又研究科爾送他的扇尾鴿的尾羽數目的遺傳以及雞和招潮第二性徵產生的機制。
摩爾根繼續在哥倫比亞大學開設研究生課程，不過他對教學工作的態度並沒有改變。有一次，他下課回到實驗室，打個哈欠說：“對不起，我剛講完課，便昏昏欲睡了。”他對行政管理工作照樣不感興趣。當L·C·鄧恩正在考慮來不�
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