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3月3日7點，第5軍團司令蔡義武在秘密處置了3個拒絕服從命令的旅長後，任命自己的親信控制了第5軍。到11點相繼佔領了臺南市機場，市議會、市政府和電視臺等。

同日，憑東縣、高雄市、高雄縣、臺東縣綠營縣市政權宣佈脫離臺北控制，位於臺東縣的第20軍第81旅、駐高雄市的第15軍也宣佈響應第5軍。而本屬第5軍防區的臺南縣民進黨縣政權由於緊*嘉義效忠臺北的第4軍團，未敢輕舉妄動。

叛亂軍隊配合早已控制的警察局大肆搜捕國民黨議員和親近藍營的各階層重要人士，並調整軍隊態勢準備抵抗政府軍的進攻。

一時間，271名縣市議員被捕，600多名親蘭營人士被隔離和拘留。民進黨乘機煽動暴徒搶劫非綠營人士的財產，短短6天時間，非綠營人士損失700間房屋，6家大中型企業被焚燬，2家銀行被洗劫一空，經濟損失約170億新臺幣。

當然，耐人尋味的是，一些本屬綠營的骨幹分子譬如原民進黨主席現任高雄市長謝長廷3月2日凌晨因病住院治療，醫生結論是“高血壓”，需要臥床休息。

叛亂震驚了世界，全球的目光都被吸引過來，本地的記者和外國媒體都在第一時間給予了報道。

美國人於3月3日下午4點就發表了異乎尋常的申明並表示：臺灣人民自己的事情應該自己去決定，外部力量不應該進行干涉。當然，嘴巴上面是這樣說，做的肯定有區別，大量的特工、軍事顧問早已秘密進入了高雄和臺南，正在為叛亂分子謀劃。

日本的媒體是興奮異常，紛紛要求政府“幫助”臺灣自由人士組建軍隊和進行支援。日本官方僅僅表示不希望看見流血事件，希望雙方剋制和談判解決。

馬英九於3月4日9點在風暴中的臺北平靜地發表了講話，要求叛亂軍隊立即回到軍營，恢復社會秩序，否則將堅決鎮壓暴亂分子。

自3月4日11點至19點，基隆市、臺北市、臺中市、新竹市、嘉義市、新竹縣、桃園縣、宜蘭縣、苗粟縣、花蓮縣、彰化縣、南投縣、雲林縣、金門縣、澎湖縣等政府均發表申明反對分裂，堅決支援馬總統。其後，3月6日民進黨控制下的臺北縣、臺中縣、嘉義縣政府在當地駐軍壓力下被迫宣佈支援中央政府。

3月5日凌晨，花蓮縣駐軍第3軍51旅及32航空師發動叛亂，佔領縣政府和縣議會，逮捕了國民黨籍的縣長和議長，宣佈支援第5軍。

中國政府於3月5日9點發表宣告宣佈堅定地支援馬英九，表示不能坐視一小撮分裂份子的活動危及臺灣人民及祖國統一事業。臺北的國防部已經秘密接通了和北京的聯絡，同時馬英九也透過管道聯絡到了北京高層。

自從叛亂髮生以後，藍營支持者立即在本方控制區域內舉行大規模的集會，抗議分裂分子的罪惡行徑。

緊接著，參謀總長會同陸軍總司令、海軍總司令、空軍總司令、聯勤總司令和駐紮在金門、澎湖、基隆等地的海軍第1、第3、第4分艦隊及空軍第4、第5、第9師等軍隊宣佈支援馬英九總統。

但是，駐紮高雄港、臺南港的海軍第2、第5分艦隊及空軍第3、第6、第11師早在叛亂時即已被叛軍控制，花蓮的海軍第8巡航分隊被叛軍包圍，因促不及防被解除了武裝，2艘驅逐艦、1艘護衛艦，17艘導彈艇、掃雷艦等被叛軍接管。

3月6日，一個集合了民進黨、臺聯、建國黨及部分獨立人士組成的“臺灣民主共和國”在臺南市宣佈成立，以臺南市為臨時首都，以民進黨主席楚愛春為總統，臺聯主席黃主文為行政院長，建國黨主席郝召悌為立法院長的草臺班子正式組建，任命蔡義武為參謀總長代理國防部長，原第9軍團司令衛新臺為陸軍總司令，第32航空師師長劉浩長為代理空軍司令。

叛亂分子宣佈將申請加入聯合國，並要求和美日建立外交關係並正式邀請友好國家軍隊駐紮。

3月8日，美國人表示“目前暫無和臺灣民主共和國建立外交關係的計劃，但本著美臺友好的悠久歷史來看，我們認為應該和平解決臺灣的內部問題，並建議臺北和臺南進行和談。

接到正式通知的“中華民國駐華盛頓商務代表”憤然拒絕並按照外交部長的命令直接返回臺北。

日本政府宣佈將向臺灣民主共和國派遣一個代表團，並宣稱“鑑於南部的混亂局面將提供15億美元的緊急援助，以幫助那裡恢復秩序和法律”。同時，命令自衛隊第2、9師團處於戰備狀態，第1、2、4三個“九十艦隊