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和影響力不斷擴張，他將美國改造成他理想中的國度的能力也在增長。打著加強國家安全的旗號，胡佛開始蒐集公民的材料，不管他們是否是國家公職人員，也不管他們是否真是危險分子。附上索引和交叉索引的厚厚的檔案袋裝滿了一箱又一箱，從議員、律師到碼頭工人、圖書館員的日常生活細節都成為收集材料的範圍。

①胡佛（J。Edgar　Hoover，1895—1972），美國聯邦調查局局長（1924—1972），建立指紋檔案、科學偵察犯罪實驗室及聯邦調查局國家學院，以反共為目標，對美國公務人員進行“忠誠”調查，招致進步輿論抨擊。

聯邦調查局的一份卷宗上寫著萊納斯·鮑林的名字。1948年冬季，鮑林離美赴牛津訪問幾個星期之前，胡佛的得力助手托爾森向他遞交了一份告密信。信是由美國化學學會的某個會員寫來的，信中說他擔心學會的當選主席，即將赴英國訪問的鮑林，有親共傾向。托爾森告訴胡佛：“我查閱了一下檔案，結果發現我們從未對鮑林進行過調查，但是鮑林與美國進步公民組織關係密切，並在關於解散眾議院非美活動調查委員會的決議上籤過名，是這個被共產黨滲透的組織的成員……有足夠的證據表明他不是一盞‘省油的燈’。”

胡佛之所以未對鮑林進行調查，非不欲也，是不能也。根據效忠宣誓法案，聯邦調查局可以進行調查的美國人的範圍已經擴充到了成千上萬的聯邦僱員，包括接受聯邦政府資助和與政府簽約的教授，但是調查範圍仍然是有限制的。大戰結束之後，鮑林並未從事任何涉及國家機密的科研專案，也未申請聯邦資助。根據9835號行政命令，在私立大學工作的研究人員不屬於審查範圍。

但是，當鮑林抵達倫敦之後，情況立即起了變化。美國海軍研究處助理武官辦公室的代表拜訪了鮑林。這位年輕的軍官告訴鮑林，為了國家利益，美國的科學研究必須與英國並駕齊驅。假如鮑林能夠告知海軍他對訪問過的英國實驗室的印象，那將是很有用的。這位軍官還說，這不是竊取情報，也不存在辜負對方信任的問題。鮑林所要做的只是告知他對英國科學現狀的一般印象而已。作為對他履行政府顧問職能的口報，他們將付給鮑林每天20美元的酬金，鮑林只要在一份合同上籤個字。然而，從鮑林簽字的那一刻起，他就被列入了效忠審查的範圍之內，聯邦調查局立即開始調查他的政治歷史。

由於鮑林對自己參加過的任何組織都不加保密，因此聯邦調查局進行調查十分容易。特工人員查閱了有關檔案，找到了一份1947年調查人員與鮑林進行談話的記錄，那次談話的內容涉及到另一位被懷疑有自由主義背景的科學家奧本海默的忠誠情況。鮑林在談話中稱自己是奧本海默的“親密朋友”，他告訴調查局說，奧本海默是一個“脾氣多變、性格複雜而又絕頂聰明”的人，他本人毫不懷疑奧本海默對美國的忠誠。談話隨後進入有關奧本海默的政治活動。鮑林詳細講述了自己與帕薩迪納科學家協會，與藝術、科學和專業人士獨立公民委員會，與美國進步公民組織的聯絡，還談了自己對華萊士的支援。在這份談話記錄中，調查人員加了這樣的評論：秘密渠道稱藝術、科學和專業人士獨立公民委員會好萊塢分會是“加利福尼亞共產黨的一個主要的政治和宣傳組織”，而且稱帕薩迪納科學家協會內共產黨員和共產黨陣線的活動分子十分活躍。

聯邦調查局從眾議院非美活動調查委員會借閱了鮑林的檔案，發現檔案內有很多《工人日報》和其他共產黨報紙的剪報，在這些剪報內“無數次地引用了”鮑林關於原子彈政策和人權問題的講話。他們認為這些活動都很可疑，但是按照效忠法案的規定，鮑林唯一的非法活動是在戰時與美蘇友好全國委員會關係密切。這個組織一直被列入司法部長掌握的黑名單之中。

儘管材料不多，卻已足以使胡佛下令對鮑林進行全面調查。他要求海軍情報局跟蹤鮑林在英國的活動，下令聯邦調查局特工查閱警察局檔案和信用檔案，對鮑林在伯克利和康奈爾逗留期間的有關人員進行訪談。他還讓聯邦調查局洛杉磯分局協調在帕薩迪納進行的調查。特工人員對鮑林的同事、鄰居和加州理工學院的行政官員進行了詢問，還獲准查閱鮑林在理工學院的私人檔案。

但是他們沒有發現任何東西。他們訪談的每一個人都毫無保留地肯定鮑林對國家的忠誠。他的同事們說，儘管鮑林“毫不隱瞞自己的見解”，是“一個參與者”和“主張自由表達信仰的理想主義者”，他卻肯定不是共產黨。他們所能告訴調查人員的關於鮑林的