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程涉及到氫鍵。最後的結論是，在1月份兩人見面時，鮑林將“盡力精確地瞭解林奇獲得了哪些明確的成果”。

林奇來到冰天雪地的伊薩卡，滿心渴望著與鮑林面談。但是兩人持續兩天、每天兩小時的會談只是證實了鮑林的想法。鮑林對林奇的模型結構嚴加盤問，發現她對數學所知甚多，而對化學的經驗事實所知甚少。

他遞交給韋弗的有關此次會談的秘密報告徹底否定了林奇。鮑林說，林奇是以數學家的身份來研究這一問題的，“感興趣的是從假設出發的嚴密推理，而不是蛋白質的實際結構”：“她對於用實驗資料來驗證其理論並不十分熱心”：“林奇博士能夠熟練地運用化學家和生物學家的詞彙，但是她的論據有時並不充分，她的資訊流於膚淺。”

更為主要的是，他批駁了一個能夠包容288個氨基酸結構的思想。他寫道，沒有一種已知的化學力量將蛋白質分子限制在這一數目；許多蛋白質或者蛋白質成分之所以接近這一大小，是由於進化的某種壓力，而不是化學必然性的結果u鮑林推翻了林奇的這一理論支柱，並證明她缺乏蛋白質化學知識，並總結說，林奇的論文“不誠實”。他接著說，遺憾的是，蛋白質研究人員“不知道她的科學態度與他們的截然不同，因此受到迷惑，把她的研究工作當真了。”

他說，與林奇見面唯一積極的一點是，他重新獲得了研究蛋白質問題的力量：“在與林奇博士談話之後，我覺得應該將我的思想寫出來。我一直討厭這麼做，因為猜測的成分太多；然而我認為這些猜測比林奇博士的理論要高明。”韋弗鼓勵他大膽想象。

就洛克菲勒基金而言，鮑林的報告徹底斷絕了多蘿西·林奇的財路。在談話時鮑林嚴厲的批評和刨根究底的追問使林奇大驚失色。她垂頭喪氣地回到了英國。那裡，她又遭到了伯納爾和朋友們的更多攻擊。韋弗在英國的代表W·E·迪斯戴爾，在讀到鮑林的評論後寫道：“林奇充當了催化劑的角色，但是我不知道在反應被催化之後，催化劑還有沒有繼續存在的必要。”

在從康奈爾大學回到加州理工學院之後，鮑林集中精力展開了對蛋白質結構的研究。現在他在克萊林實驗樓中擁有裝置精良的實驗室，學生和博士後研究人員人數也在不斷增加。他開始拍攝更多的天然蛋白質的X射線照片，希望在阿斯特伯裡和伯納爾的成果之外再發現一些有價值的東西。同時他還開始運用澤希邁斯特的色譜法技巧來分離和提純蛋白質碎裂後的碎片，希望透過解決這些碎片的結構來了解整個蛋白質的結構，也許可能按照氨基酸在蛋白質鏈中的順序來重建整個蛋白質。

不過他仍然將主要的精力投入對蛋白質結構的基礎——氨基酸的研究中。在此，科裡在甘氨酸和二酮哌嗪研究上的成果有些出人意料，因為它們實在平淡無奇。氨基酸的構造看起來和鮑林想象的沒有什麼大的差別。最重要的是，二酮哌嗪的結構驗證了鮑林預言的肽鍵雙鍵特徵——原子在肽鍵兩側以雙鍵形式被牢牢地固定在同一個平面上，不能圍繞對方旋轉。這證明了鮑林在1937年對於角蛋白結構提出的設想。那麼為什麼上次的努力失敗了呢？他讓科裡、休斯和他們的學生研究更多的氨基酸和小的縮氨酸，畫出更加精細的結構圖。也許答案正是在這些細節中。

鮑林在1936年與莫斯基合著的關於蛋白質變性的論文兩年裡一直沒有造成多大的影響。儘管論文中的化學論據很有說服力，實驗資料非常詳實，但是大多數蛋白質學者並不相信，一種像氫鍵這樣無名、不確定的弱小力量會決定蛋白質的精確形狀。對氫鍵理論的接受非常緩慢，令人失望。但是鮑林仍然確信它是正確的。他開始和新近聘用的同事，蛋白質學者卡爾·尼曼談論證明氫鍵存在的方式。

正當鮑林投入這場新的戰鬥的時候，一個令人震驚的事件發生了：林奇找到了其環醇結構存在的證據。在和鮑林談話之後，她並沒有悄悄地退出這一領域，而是投入了雙倍的努力。她找到了一位強有力的新盟友：諾貝爾獎獲得者、物理化學家（共用電子對成鍵理論的合作倡導者）歐文·朗繆爾。朗繆爾對分子膜的興趣使他對環醇假設發生了興趣。

1938年秋天，她寫信給洛克菲勒基金會，稱“發生的奇蹟異乎尋常”。多蘿西·霍奇金對小的球蛋白胰島素拍攝了新的X射線照片。儘管克羅夫特認為“計算出來的形式看來與環醇或是同各種鏈狀結構沒有任何直接的聯絡”，林奇和朗繆爾運用新的數學工具對資料進行了分析，找到了環醇存在的證據。他們的成果，特別是考慮到朗繆爾的名聲，在蛋白質學