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這個方法終於在1925年被海森堡等人找到了。他們是在1925年著手於這項研究工作的。有趣的是海森堡和大多數對發展新學說有貢獻的其他科學家們都在哥本哈根做過研究工作。在那兒他們透過與玻爾開展討論和相互間的密切影響，無疑會受益匪淺。玻爾本人立即擁護新學說，幫助推進新學說。他對新學說做出了重大的貢獻。透過討論和寫作，他促進了新學說的系統化。
在30年代，玻爾把注意力轉移到原子核結構問題上去了。他創造了重要的原子核“液滴模型”，還提出了反應堆中的“複核”學說。此外，玻爾還正確指出了參與核裂變的鈾的同位素U235，這對後來發展原子彈具有重大意義。
1940年德國軍隊佔領了丹麥。玻爾的處境十分危險，這是由於他堅決反對納粹分子的觀點為眾人所皆知，還由於他母親是猶太人。1943年玻爾設法逃出了被佔領的丹麥來到瑞典。他還幫助許多丹麥籍猶太人潛逃出境，否則他們將會死在希特勒的煤氣爐上。玻爾從瑞典飛到英國，又從英國飛到美國。在美國，玻爾在戰爭時期幫助製造了原子彈。
戰後，玻爾返回哥本哈根，在那兒領導理論物理所，直到1962年去世時為止。在戰後的年月裡，玻爾為對原子能實行國際性控制進行努力奮鬥，不過沒有取得任何成效。
玻爾於1921年結婚，當時正值他從事偉大科研工作的黃金時代。他有五個兒
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